上海蛋白組學(xué)測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

為了更好地了解DON對(duì)C2C12細(xì)胞分化的影響，作者進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的整合分析。共鑒定了149個(gè)共同的***差異基因（co-DEG），其中91%被共下調(diào)（圖3A）。15%的co-DEG屬于真核細(xì)胞骨架，其中大部分屬于肌動(dòng)蛋白絲，少數(shù)是中間絲和微管的成分。對(duì)co-DEG進(jìn)行GO分析，生物學(xué)過(guò)程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“快肌纖維收縮的正向調(diào)節(jié)”條目。細(xì)胞組分中富集的**個(gè)條目是“纖維蛋白原復(fù)合物”、“細(xì)胞外空間”、“細(xì)胞外基質(zhì)”、“細(xì)胞外區(qū)域”和“蛋白質(zhì)細(xì)胞外基質(zhì)”，這些都是細(xì)胞外成分（圖3B）。結(jié)果表明，DON主要影響肌肉成分的組成和功能以及多種細(xì)胞外成分的表達(dá)。通路富集分析富集到了“ECM-受體相互作用”、“蛋白質(zhì)消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘著斑”等通路。label free蛋白組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)原理。上海蛋白組學(xué)測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細(xì)胞的差異基因（DEG）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個(gè)DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個(gè)DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學(xué)過(guò)程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學(xué)分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)”等生物學(xué)過(guò)程。細(xì)胞成分中富集到“細(xì)胞骨架”、“細(xì)胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān)，而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān)，這與轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果一致。北京蛋白組學(xué)tmt報(bào)告解讀修飾蛋白質(zhì)組試劑及服務(wù)，蛋白質(zhì)組學(xué)解決方案。

iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)研究實(shí)用案例：2021年8月，浙江大學(xué)藥學(xué)院何俏軍、羅沛華團(tuán)隊(duì)在Autophagy期刊發(fā)表了題為“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通過(guò)動(dòng)物模型、功能實(shí)驗(yàn)、iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)等研究方法，發(fā)現(xiàn)了舒尼替尼誘導(dǎo)的自噬導(dǎo)致心肌細(xì)胞凋亡和心臟功能障礙，探究了舒尼替尼誘導(dǎo)的適應(yīng)不良自噬通過(guò)TOLLIP介導(dǎo)的內(nèi)體相關(guān)通路選擇性降解心肌細(xì)胞存活介質(zhì)CCN2的機(jī)理，揭示了調(diào)節(jié)心肌細(xì)胞死亡的自噬降解新靶標(biāo)蛋白。為提高基于舒尼替尼的*****安全性提供了方法及理論依據(jù)。中文標(biāo)題：CCN2的自噬降解導(dǎo)致舒尼替尼的心臟毒性研究對(duì)象：小鼠發(fā)表期刊：Autophagy影響因子：16.016發(fā)表時(shí)間：2021年8月合作單位：浙江大學(xué)藥學(xué)院運(yùn)用生物技術(shù)：iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)(由鹿明生物提供技術(shù)支持)

DIA蛋白組學(xué)：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發(fā)病率低，表現(xiàn)形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫(yī)藥大學(xué)課題組在J Proteomics.期刊發(fā)表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過(guò)DIA蛋白組學(xué)研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質(zhì)組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標(biāo)志物。同時(shí)作者發(fā)現(xiàn)補(bǔ)體系統(tǒng)抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達(dá)上調(diào)，這可能在SAPHO綜合征的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用。蛋白驗(yàn)證新技術(shù)-PRM,平行反應(yīng)監(jiān)視蛋白組學(xué)。

單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法：2020年9月，加州大學(xué)的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發(fā)表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果，通過(guò)單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法，分析正常人近端腎小管和腎小球區(qū)域的腎臟細(xì)胞，研究為解開(kāi)急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細(xì)胞功能擾動(dòng)提供依據(jù)。中文標(biāo)題：正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究對(duì)象：人體腎臟組織發(fā)表期刊：FrontiersinMedicine影響因子：5.091發(fā)表時(shí)間：2020年9月運(yùn)用重點(diǎn)組學(xué)技術(shù)：?jiǎn)渭?xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)蛋白組學(xué)檢測(cè)一個(gè)樣多少錢(qián)。安徽什么是蛋白組學(xué)

蛋白質(zhì)組與代謝組聯(lián)合分析。上海蛋白組學(xué)測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

作者進(jìn)行了綜合分析，將蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)中的***生物標(biāo)志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉(zhuǎn)化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結(jié)合蛋白質(zhì)和代謝標(biāo)志物來(lái)預(yù)測(cè)DKD狀態(tài)。五種機(jī)器學(xué)習(xí)模型表明，組合模型提高了DKD預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結(jié)果?？偟膩?lái)說(shuō)，組合多組學(xué)標(biāo)志物模型是一種強(qiáng)有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學(xué)結(jié)果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測(cè)DKD進(jìn)展的潛在生物標(biāo)志物。2.代謝組學(xué)結(jié)果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預(yù)測(cè)DKD的**標(biāo)志物。3.蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)的組合可以提高預(yù)測(cè)和診斷DKD的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。血清綜合組學(xué)的生物標(biāo)志物可用于DKD的預(yù)警和診斷。該研究為優(yōu)化DKD的管理提供了數(shù)據(jù)資源。上海蛋白組學(xué)測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

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