數(shù)字PCR技術的出現(xiàn)不是為了完全取代原有分子診斷技術,而是更好的補充和完善現(xiàn)有技術平臺。數(shù)字PCR為不同應用場景下的多樣化核酸檢測需求提供了新的思路,尤其是在臨床檢測方面,在 性疾病早期檢測、 疾病的伴隨診斷、生殖遺傳篩查等領域展現(xiàn)出良好的應用前景。國產數(shù)字PCR企業(yè)在商業(yè)化應用方面,也不斷“攻城略地”。新羿生物在檢測及 疾病伴隨診斷方面開發(fā)了一系列試劑盒,并積極推進注冊臨床試驗;領航基因聚焦在血流 (膿毒癥)及呼吸道 領域,相繼推出了多款病原菌檢測試劑盒;銳訊生物聚焦于檢測,2020年其產品獲得FDA緊急授權。除此之外,在公共衛(wèi)生領域,國產數(shù)字PCR企業(yè)針對食源性致病菌、鼠疫、蟲媒病毒等,也推出多種檢測試劑盒。在dPCR中,樣品被分區(qū),使得樣品內單個的核酸分子被定位并被集中在許多分離的區(qū)域內。深圳賽默飛數(shù)字PCR原理
引物設計(DesignPrimers):引物長度(PrimerLength):18-25個堿基之間。短的引物更易于同靶序列結合,但過短的引物也更可能同基因組上的多個區(qū)域相結合而產生非特異性擴增產物。更長的引物會提高同靶序列結合的特異性,但過長的引物(>30bp)同靶序列結合速度變慢,降低結合率。引物長度和組成直接影響引物Tm值(PrimerMeltingTemperature)和退火溫度(AnnealingTemperatures)。引物的組成——GC%含量(GCContent):指引物總堿基中G和C堿基數(shù)量的百分比,該值應在40-60%之間。如果模板序列的GC含量較高,推薦使用較高Tm值的引物。華南地區(qū)全自動數(shù)字PCR市場前景數(shù)字PCR的兩大應用場景在于基因檢測、無創(chuàng)出生缺陷篩查。
了解泊松分布,我們先要從二項式分布說起,二項式分布是一個離散概率分布,它給出了m次試驗中k次成功的可能性,每次試驗的概率為p,例如當擲骰子時,二項分布給出了在10次試驗中恰好有7次擲出4的概率。在數(shù)字PCR的情況中,投擲骰子類似于將一個目標實體隨機“投擲”到一組分區(qū)中,當目標落在選定的分區(qū)中時,就是成功。如果有n個分區(qū),并且分區(qū)過程是完全隨機的,則目標出現(xiàn)在所選分區(qū)中的概率為1/n。該試驗重復m次,樣品中的每個分子一次。如下所示的二項式分布給出了k個成功的概率,即所選分區(qū)恰好包含k個分子的概率。數(shù)字PCR通常采用大量分區(qū)。當n很大,并且嘗試成功的概率(1/n)很小時,二項分布可以近似為泊松分布。
基于微滴的QX100dPCR儀,利用油包水技術,將樣品平均分配到20000個微滴油包水中,利用微滴分析儀對微滴進行分析。2012年RainDance公司推出了RainDropdPCR儀,在高壓氣體驅動下,將每個標準反應體系分割成包含100萬至1000萬個皮升級別微滴的反應乳液。數(shù)字PCR就形成了2大派別,芯片式和微滴式。不論是哪種數(shù)字PCR,其原理都是有限稀釋,終點PCR和泊松分布。將含有核酸模板的標準PCR反應體系,平均分配成幾萬個PCR反應,分配到芯片或微滴中,使每個反應中盡可能含有一個模板分子,進行單分子模板PCR反應,通過讀取熒光信號的有或無進行計數(shù),經過統(tǒng)計學泊松分布的校準進行定量。數(shù)字PCR適用于依靠Ct值不能很好分辨的應用領域。
數(shù)字PCR系統(tǒng)通過其獨特的微流體陣列式芯片板(MAP)技術,提供強大而易于使用的數(shù)字PCR體驗。這種專有技術可實現(xiàn)對樣品進行一致的自動腔室化,可將一份樣品腔室化至20,000個微反應室,其變異系數(shù)(CV)達到比較好的<1%。與其它數(shù)字PCR系統(tǒng)不同,MAP技術不使用乳液或其它基于液滴的方法對反應進行腔室化。而是利用分配通道將試劑遞送至微反應室,具有高精密度和一致性。此外,QuantStudioAbsoluteQ系統(tǒng)可分析加載樣品的95%以上,確保獲得高度準確的數(shù)字PCR結果。從市場規(guī)模來看,目前數(shù)字PCR市場規(guī)模并不大,全球約1.5億至2.5億美元。廣州醫(yī)療系統(tǒng)認證數(shù)字PCR油滴制造
通過創(chuàng)新技術微流控芯片,讓數(shù)字PCR單反應耗材價格進入個位數(shù),實現(xiàn)了新的進步,也降低開發(fā)難度。深圳賽默飛數(shù)字PCR原理
數(shù)字聚合酶鏈式反應(digitalpolymerchainreaction,dPCR)技術因具有高靈敏度、受基質干擾少等優(yōu)勢而被廣用于轉基因食品檢測。本研究綜述了數(shù)字PCR技術的原理、系統(tǒng)各部件的優(yōu)劣勢,梳理了數(shù)字PCR技術在轉基因檢測與溯源技術(標準物質)方面的進展和發(fā)展趨勢,以期為轉基因食品檢測領域提供參考依據。dPCR的擴增過程大致上可以分為3步:樣品的分散、樣品的熱循環(huán)擴增和樣品的檢測。對于數(shù)字PCR儀器系統(tǒng),各個部件之間仍然有較大的改進空間,要發(fā)揮部件之間的協(xié)同作用是很重要的,而且有持續(xù)研究的價值。表1中總結了部分常見的數(shù)字PCR系統(tǒng)的類型,以及相對在硬件、便攜性、性價比和自動化程度上的比較。深圳賽默飛數(shù)字PCR原理
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