微滴式數(shù)字PCR油滴制造

來源: 發(fā)布時(shí)間:2023-02-23

數(shù)字PCR技術(shù)的出現(xiàn)不是為了完全取代原有分子診斷技術(shù),而是更好的補(bǔ)充和完善現(xiàn)有技術(shù)平臺(tái)。數(shù)字PCR為不同應(yīng)用場(chǎng)景下的多樣化核酸檢測(cè)需求提供了新的思路,尤其是在臨床檢測(cè)方面。國(guó)產(chǎn)數(shù)字PCR企業(yè)在商業(yè)化應(yīng)用方面,也不斷“攻城略地”。數(shù)字PCR作為當(dāng)下靈敏的核酸檢測(cè)技術(shù),盡管目前國(guó)產(chǎn)數(shù)字PCR企業(yè)異軍突起,在臨床市場(chǎng)中實(shí)現(xiàn)了彎道超車,但未來仍然需要聚焦客戶需求,不斷夯實(shí)底層創(chuàng)新,同時(shí)在檢測(cè)成本、自動(dòng)化、試劑盒申報(bào)注冊(cè)、出海國(guó)際化等方面不斷努力,提供更為的解決方案。國(guó)際局勢(shì),波譎云詭。在百年未有之大變局,實(shí)現(xiàn)中華民族的偉大復(fù)興,需要國(guó)內(nèi)企業(yè)瞄準(zhǔn)技術(shù)高地,以爭(zhēng)分奪秒的精神,解決技術(shù)"卡脖子"的難題,不斷攻堅(jiān)克難,自主創(chuàng)新,在與國(guó)際品牌的同臺(tái)競(jìng)技中,彰顯中國(guó)實(shí)力。在使用dPCR進(jìn)行轉(zhuǎn)基因檢測(cè)時(shí),通常直接參照qPCR的方法。微滴式數(shù)字PCR油滴制造

基于微滴的QX100dPCR儀,利用油包水技術(shù),將樣品平均分配到20000個(gè)微滴油包水中,利用微滴分析儀對(duì)微滴進(jìn)行分析。2012年RainDance公司推出了RainDropdPCR儀,在高壓氣體驅(qū)動(dòng)下,將每個(gè)標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系分割成包含100萬至1000萬個(gè)皮升級(jí)別微滴的反應(yīng)乳液。數(shù)字PCR就形成了2大派別,芯片式和微滴式。不論是哪種數(shù)字PCR,其原理都是有限稀釋,終點(diǎn)PCR和泊松分布。將含有核酸模板的標(biāo)準(zhǔn)PCR反應(yīng)體系,平均分配成幾萬個(gè)PCR反應(yīng),分配到芯片或微滴中,使每個(gè)反應(yīng)中盡可能含有一個(gè)模板分子,進(jìn)行單分子模板PCR反應(yīng),通過讀取熒光信號(hào)的有或無進(jìn)行計(jì)數(shù),經(jīng)過統(tǒng)計(jì)學(xué)泊松分布的校準(zhǔn)進(jìn)行定量。德國(guó)數(shù)字PCR性能特點(diǎn)數(shù)字PCR的應(yīng)用甚廣,除了可應(yīng)用于進(jìn)行突變的檢測(cè)以外,也可運(yùn)用于基因擴(kuò)增的檢測(cè)。

dPCR的測(cè)量結(jié)果通常表示為含量,即拷貝數(shù)值或轉(zhuǎn)基因質(zhì)量百分比,而QPCR結(jié)果通常表示為拷貝數(shù)的質(zhì)量分?jǐn)?shù)。目前市場(chǎng)上可購(gòu)買到大多數(shù)轉(zhuǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),以qPCR定值的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)是以拷貝數(shù)(單倍體基因組當(dāng)量)的質(zhì)量分?jǐn)?shù)來表示特性量;以dPCR定值的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)直接采用拷貝數(shù)比例來表示特性量。不同方法使用不同的表示方式,會(huì)造成測(cè)量結(jié)果不可比。因此質(zhì)量分?jǐn)?shù)、拷貝數(shù)和拷貝數(shù)比例之間的關(guān)系需要轉(zhuǎn)化,才能得到單位一致,數(shù)值可比的數(shù)據(jù)。EU聯(lián)合研究中心建議使用轉(zhuǎn)換因子從拷貝數(shù)換算到質(zhì)量分?jǐn)?shù)。

數(shù)字PCR平臺(tái)的評(píng)價(jià)指標(biāo)有:分割單元數(shù),熒光通道數(shù),操作復(fù)雜性和污染風(fēng)險(xiǎn)。但是重要的是檢測(cè)準(zhǔn)確性,評(píng)估數(shù)字PCR平臺(tái)的一種方法是使用多個(gè)數(shù)字PCR平臺(tái)互相驗(yàn)證,另一種方法是使用定值準(zhǔn)確的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。目前的三代的PCR技術(shù)各有各的優(yōu)缺點(diǎn),也各有各的應(yīng)用領(lǐng)域,并不是一代取代一代的關(guān)系。技術(shù)的不斷進(jìn)步給PCR技術(shù)注入了新的活力,使其能解鎖一個(gè)又一個(gè)的應(yīng)用方向,使核酸檢測(cè)更方便、更準(zhǔn)確。目前dPCR儀器的價(jià)格仍然十分昂貴,但隨著系統(tǒng)加工工藝的改進(jìn)以及使用較便宜的材料,聚合成更小的體積[556],其價(jià)格將會(huì)不斷的降低,使其應(yīng)用到更多的檢測(cè)中。3D數(shù)字PCR是基于納米流體芯片進(jìn)行檢測(cè),通過一次檢測(cè),將樣品分到數(shù)千個(gè)單獨(dú)的PCR。

作為時(shí)下的熱點(diǎn)技術(shù),數(shù)字PCR是將核酸樣品分配到大量單獨(dú)、平行的微反應(yīng)單元(nL,納升級(jí)別)中,使得每個(gè)反應(yīng)單元中盡可能含有1個(gè)模板分子,并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行擴(kuò)增、檢測(cè)和分布統(tǒng)計(jì),從而實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)分子的比較 計(jì)數(shù)。(圖:數(shù)字PCR技術(shù)原理)根據(jù)微反應(yīng)單元的不同形式,數(shù)字PCR產(chǎn)品可分為微板式、微滴式和芯片式等。目前,市場(chǎng)上主要的數(shù)字PCR產(chǎn)品主要是基于微滴式和芯片式,如Bio-Rad公司的QX200微滴式系統(tǒng)和ThermoFisher公司的QuantStudio系統(tǒng)等。與一、二代PCR技術(shù)相比,數(shù)字PCR具有很多優(yōu)勢(shì):一是特異性、靈敏性均有顯著提高;二是在不依賴內(nèi)參和標(biāo)準(zhǔn)曲線的前提下,可直接得到比較 量化指標(biāo);三是微反應(yīng)單元相互獨(dú)立、封閉,避免了PCR抑制劑及不同核酸分子擴(kuò)增產(chǎn)物間的相互干擾,準(zhǔn)確度和可重復(fù)性較高。dPCR儀器在操作中集成了前處理以減少手工移液和樣品轉(zhuǎn)移的操作,增加了通量,并在價(jià)格上具有優(yōu)勢(shì)。蘇州數(shù)字PCR儀器

數(shù)字PCR作為研發(fā)階段的驗(yàn)證方案之一。微滴式數(shù)字PCR油滴制造

數(shù)字PCR的引物和探針設(shè)計(jì)規(guī)則同熒光定量PCR是類似的,具體規(guī)則如下:1、查找和選擇目標(biāo)序列設(shè)計(jì)引物和探針的第一步是得到感興趣基因的核酸序列。找到基因保守區(qū)域:基因的保守區(qū)域是指來自同一屬/種/亞型的、在某個(gè)基因上堿基序列差別很小或沒有差別的區(qū)域。根據(jù)需要,使用ClustalX或ClustalW等軟件對(duì)齊屬于同一屬/種/亞型的基因的一組序列,在對(duì)齊序列的保守區(qū)域設(shè)計(jì)引物,并確保引物結(jié)合位點(diǎn)處的保守序列與其它非待檢測(cè)的屬/種/亞型的堿基序列具有較大的差異。擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度(AmpliconLength):可在75-200bp之間(產(chǎn)物長(zhǎng)度=下游引物位置-上游引物位置+1)。微滴式數(shù)字PCR油滴制造

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