使用ddPCR的一個主要優(yōu)點在于,定量不是相對的。微滴式數(shù)字PCR計算事件的數(shù)量,因此可以確定檢測極限和比較低起始量,以便達到所需的靈敏度。在連續(xù)監(jiān)控或比較不同患者的效果時,這可以更準確地比較負荷,因為所測得的豐度不是相對的。經(jīng)過實驗證實,ddPCRKRASG12/G13ScreeningKit也能夠檢測患者cfDNA樣品中的KRAS突變(圖2)。這些患者的血漿樣品購自ConversantBio和ProMedDx,之前已通過FFPE基因分型被分為KRAS突變陽性或陰性。歡迎咨詢廣州雙螺旋科學儀器有限公司。數(shù)字PCR是定量技術(shù),基于單分子PCR方法來進行計數(shù)的核酸定量,是一種定量的方法。法國賽默飛數(shù)字PCR技術(shù)
數(shù)字PCR產(chǎn)品的發(fā)展,為不同場景下的多樣化核酸檢測需求提供了新的思路,尤其是在醫(yī)學檢驗方面,在 性疾病早期檢測、病癥的液體活檢、無創(chuàng)產(chǎn)前檢查等領(lǐng)域展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。實現(xiàn) 性疾病早期高效檢測——以病毒為例,有病毒檢測、和臨床樣本病毒載量評估He監(jiān)測環(huán)境病毒載量;二代熒光定量PCR檢測技術(shù)是目前病毒檢測的"金標準",但由于病毒探針結(jié)合位點突變、樣本病毒載量不足等原因,在臨床檢測過程中經(jīng)常出現(xiàn)假陰性結(jié)果,由于數(shù)字PCR具有更高的靈敏度、精細度,以及其適合痕量樣本檢測的特性,能夠檢測出熒光定量PCR檢測過程中錯過的 ,可作為后者的補充。在人群篩查及臨床診療中,為科學選取采樣方式,需要評估不同臨床樣本病毒載量,如鼻咽拭子、血尿、糞便、肺泡灌洗液等,由于數(shù)字PCR可提供一定程度上量化指標,為采樣方法的選取提供了參考,從而提高檢出率。在外防輸入的戰(zhàn)略要求下,環(huán)境病毒檢測工作尤為重要,數(shù)字PCR可對低核酸豐度樣本進行有效檢測,包括從不同環(huán)境中取樣的樣本,如病房、醫(yī)院衛(wèi)生間、實驗室等等,在病情防控中起到了不可忽視的作用。此外,數(shù)字PCR的應(yīng)用場景還有病程不同階段的病毒載量評估、核酸參考品制備、抗病毒藥物研發(fā)等環(huán)節(jié)。廣州全自動數(shù)字PCR解決方案全自動數(shù)字PCR平臺,讓數(shù)字PCR真正邁入新時代,助推數(shù)字PCR普及應(yīng)用。
產(chǎn)物越短,往往擴增效率越高。模板二級結(jié)構(gòu)(Templatesecondarystructure):PCR變性中和變性后的單鏈DNA不夠穩(wěn)定,容易自發(fā)折疊形成二級結(jié)構(gòu)。應(yīng)避免可形成穩(wěn)定二級結(jié)構(gòu)的模板鏈區(qū)域,因為如果模板鏈形成的二級結(jié)構(gòu)在退火溫度下穩(wěn)定存在,定位在模板鏈二級結(jié)構(gòu)處的引物將無法同模板鏈相結(jié)合。使用mfold可預(yù)測引物待結(jié)合的區(qū)域是否存在復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu)。設(shè)計引物時,盡量使引物定位在模板二級結(jié)構(gòu)以外的序列上。避免具有4個以上相同的連續(xù)堿基的區(qū)域(Avoid>4repeatsofsamebases):以避免延伸階段聚合酶“滑動(PolymeraseSlippage)”。選擇GC含量(GCContent)在50-60%之間的區(qū)域。如果高GC含量區(qū)域不可避免,可以嘗試提高退火溫度,并使用添加劑,例如甘油,
常規(guī)PCR和實時熒光PCR定量檢測都需要已知拷貝數(shù)的標準DNA制定標準曲線,由于樣品測定在各種條件上不會完全一致,會造成PCR擴增效率的差異,從而影響定量結(jié)果的準確性。而ddPCR不受標準曲線和擴增動力學影響,可以進行定量。如何在雙通道設(shè)置及雙探針標記的情況下實現(xiàn)多重檢測?不同位點的雙探針檢測體系中引物和探針采用不同的終濃度,這樣陽性微滴的終點FAM/HEX熒光信號強度就會不同,利用陽性微滴不同的“分簇(cluster)”來區(qū)分不同的突變位點。采用對應(yīng)的KRAS野生型和突變型細胞系對雙重ddPCR檢測體系的性能進行驗證。結(jié)果顯示除了Q61H位點外,其他位點的檢測體系在54C的情況下均能很好的區(qū)分4個明顯的cluster。楊雁峰博士堅信數(shù)字PCR是可以應(yīng)用于無創(chuàng)產(chǎn)前篩查的理想技術(shù)之一,這也是他2016年創(chuàng)立塔歌生物的初衷。
數(shù)字PCR的引物和探針設(shè)計規(guī)則同熒光定量PCR是類似的,具體規(guī)則如下:1、查找和選擇目標序列設(shè)計引物和探針的第一步是得到感興趣基因的核酸序列。找到基因保守區(qū)域:基因的保守區(qū)域是指來自同一屬/種/亞型的、在某個基因上堿基序列差別很小或沒有差別的區(qū)域。根據(jù)需要,使用ClustalX或ClustalW等軟件對齊屬于同一屬/種/亞型的基因的一組序列,在對齊序列的保守區(qū)域設(shè)計引物,并確保引物結(jié)合位點處的保守序列與其它非待檢測的屬/種/亞型的堿基序列具有較大的差異。擴增產(chǎn)物長度(AmpliconLength):可在75-200bp之間(產(chǎn)物長度=下游引物位置-上游引物位置+1)。在使用dPCR進行轉(zhuǎn)基因檢測時,通常直接參照qPCR的方法。深圳賽默飛數(shù)字PCR價格
dPCR的結(jié)果統(tǒng)計方式有2種,一種是采用標記多種顏色,另一種采用概率統(tǒng)計的數(shù)據(jù)處理方法。法國賽默飛數(shù)字PCR技術(shù)
PCR已成為分子診斷領(lǐng)域重要的技術(shù)手段之一,占據(jù)分子診斷市場的半壁江山。數(shù)字PCR是一代PCR技術(shù),也是當前靈敏度和定量精度比較高的分子檢測技術(shù)。但數(shù)字PCR使用成本仍然相對較高,檢測靶點數(shù)少(一般≤6靶點/反應(yīng)),阻礙了其在臨床中的大規(guī)模應(yīng)用,提高數(shù)字PCR的多重檢測能力迫在眉睫。基于熒光通道數(shù)的增加和基于探針濃度梯度增加,均可以在一定程度上提高數(shù)字PCR檢測重數(shù),然而只能達到"線性"增加的目的。基于探針濃度梯度的多重檢測技術(shù)雖然光'f明顯增加多重能力,但由于無法避免交叉反應(yīng)現(xiàn)象,不能確保獲得位點特異性的分簇,因此穩(wěn)定性不足、靈敏度較差,難以滿足臨床級別的數(shù)據(jù)要求。而基于創(chuàng)新的且數(shù)字PCR獨特適用的熒光編碼技術(shù)可以實現(xiàn)“指數(shù)”級的多重檢測,顛覆性的提高數(shù)字PCR檢測重數(shù),覆蓋臨床應(yīng)用多場景需求。法國賽默飛數(shù)字PCR技術(shù)
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