對于檢測需要高靈敏度以及技術(shù)確認(rèn)的情況下,數(shù)字PCR技術(shù)也可以發(fā)揮重要作用。技術(shù)數(shù)據(jù)表明,數(shù)字PCR技術(shù)對的比較低檢測下限可到2copies/ml,比qPCR靈敏度提升了100倍。經(jīng)測試,數(shù)字PCR在檢測和診斷的某些方面優(yōu)于金標(biāo)準(zhǔn)qPCR,尤其是在低病毒載量樣本中,相比起qPCR,數(shù)字PCR特異性、靈敏度、重現(xiàn)性和檢測限受影響更小。因此,未來預(yù)計數(shù)字PCR技術(shù)也將在類疾病中得到更加廣的應(yīng)用。數(shù)字PCR的應(yīng)用甚廣,除了可應(yīng)用于進(jìn)行突變的檢測以外,也可運(yùn)用于基因擴(kuò)增的檢測。通過數(shù)字PCR技術(shù)可建立多重?zé)晒怏w系,用于同時檢測比如非小細(xì)胞肺中常見的MET和HER2耐藥擴(kuò)增。有研究報道,使用數(shù)字PCR技術(shù)對436例非小細(xì)胞肺樣品進(jìn)行檢測,并挑選樣本驗(yàn)證了數(shù)字PCR與RNA fish的檢測一致性。結(jié)果表明,該數(shù)字PCR技術(shù)在保證了基因擴(kuò)增檢測準(zhǔn)確性的同時,還節(jié)約了檢測時間。dPCR被稱作第三代PCR技術(shù),但dPCR技術(shù)的廣泛應(yīng)用逐漸顯現(xiàn)出一些不足之處。上海一體化數(shù)字PCR分析應(yīng)用
作為時下的熱點(diǎn)技術(shù),數(shù)字PCR是將核酸樣品分配到大量單獨(dú)、平行的微反應(yīng)單元(nL,納升級別)中,使得每個反應(yīng)單元中盡可能含有1個模板分子,并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行擴(kuò)增、檢測和分布統(tǒng)計,從而實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)分子的比較 計數(shù)。(圖:數(shù)字PCR技術(shù)原理)根據(jù)微反應(yīng)單元的不同形式,數(shù)字PCR產(chǎn)品可分為微板式、微滴式和芯片式等。目前,市場上主要的數(shù)字PCR產(chǎn)品主要是基于微滴式和芯片式,如Bio-Rad公司的QX200微滴式系統(tǒng)和ThermoFisher公司的QuantStudio系統(tǒng)等。與一、二代PCR技術(shù)相比,數(shù)字PCR具有很多優(yōu)勢:一是特異性、靈敏性均有顯著提高;二是在不依賴內(nèi)參和標(biāo)準(zhǔn)曲線的前提下,可直接得到比較 量化指標(biāo);三是微反應(yīng)單元相互獨(dú)立、封閉,避免了PCR抑制劑及不同核酸分子擴(kuò)增產(chǎn)物間的相互干擾,準(zhǔn)確度和可重復(fù)性較高。蘇州微滴式數(shù)字PCR熒光通道數(shù)字PCR是直接數(shù)出DNA分子的個數(shù),是對起始樣品的定量。
引物設(shè)計(DesignPrimers):引物長度(PrimerLength):18-25個堿基之間。短的引物更易于同靶序列結(jié)合,但過短的引物也更可能同基因組上的多個區(qū)域相結(jié)合而產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物。更長的引物會提高同靶序列結(jié)合的特異性,但過長的引物(>30bp)同靶序列結(jié)合速度變慢,降低結(jié)合率。引物長度和組成直接影響引物Tm值(PrimerMeltingTemperature)和退火溫度(AnnealingTemperatures)。引物的組成——GC%含量(GCContent):指引物總堿基中G和C堿基數(shù)量的百分比,該值應(yīng)在40-60%之間。如果模板序列的GC含量較高,推薦使用較高Tm值的引物。
Drop-off實(shí)驗(yàn)包括兩個針對相同擴(kuò)增子的TaqMan探針:與野生型序列互補(bǔ)而與突變位點(diǎn)不發(fā)生互補(bǔ)的Drop-off探針和與突變型和野生型基因都互補(bǔ)的Reference探針(如圖1A)。在野生型等位基因的存在下,Drop-off探針和Reference探針都將與目標(biāo)雜交,產(chǎn)生雙重陽性信號(如圖1B,藍(lán)色群)。相反,如果存在突變的等位基因,即使一個核苷酸的突變也會阻止Drop-off探針與之雜交,因此只有Reference探針對目標(biāo)基因進(jìn)行退火,從而得到一個陽性信號。相同模板進(jìn)行 96 次擴(kuò)增,終點(diǎn)處產(chǎn)物量不恒定,但 Ct 值卻極具重現(xiàn)性。
在使用dPCR進(jìn)行轉(zhuǎn)基因檢測時,通常直接參照qPCR的方法。使用不同技術(shù)對相同樣品檢測時,兩種方法的靈敏度是否具有可比性成為關(guān)注的問題。Burns等21]使用Fluidigm公司的12.765(12板,每板765個微單元)芯片數(shù)字PCR分析儀測定標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)ERM-AD413檢測轉(zhuǎn)基因玉米MON810。該小組應(yīng)用dPCR技術(shù)評估在qPCR定義下的靈敏度數(shù)值,在拷貝數(shù)200-700之間,dPCR與qPCR的測量結(jié)果具有一致性。但與qPCR的靈敏度相比,dPCR在低于拷貝數(shù)200時有被低估的風(fēng)險,在高于拷貝數(shù)1000時有被高估的風(fēng)險。dPCR在同一陣列上同時測量轉(zhuǎn)基因和內(nèi)源性靶點(diǎn)時,需要稀釋內(nèi)源性靶點(diǎn)和轉(zhuǎn)基因靶點(diǎn)在合理拷貝數(shù)范圍內(nèi)以保證dPCR測量結(jié)果的準(zhǔn)確性。臻準(zhǔn)推出新款數(shù)字PCR產(chǎn)品:AccuONE2.0數(shù)字PCR系統(tǒng)。上海一體化數(shù)字PCR分析應(yīng)用
數(shù)字PCR主要采用當(dāng)前分析化學(xué)熱門研究領(lǐng)域的微流控或微滴化方法。上海一體化數(shù)字PCR分析應(yīng)用
全自動樣本制備系統(tǒng)DMX-1000配備氣流發(fā)生裝置和氣壓控制裝置,能夠?qū)崿F(xiàn)高精度壓力控制,結(jié)合**產(chǎn)品液滴生成芯片和微流控乳液滴生成技術(shù),DMX-1000可以在70秒內(nèi)快速、穩(wěn)定、高效地生成大小均一的微乳液滴。微滴數(shù)量可達(dá)2萬-60萬個,粒徑范圍30-120μm,性能穩(wěn)定。除此之外,銳訊還提供微流控芯片的定制服務(wù),以滿足不同的液滴數(shù)目和尺寸要求。平板式快速擴(kuò)增儀TC-1000,不再使用傳統(tǒng)的96孔板,而是特制的液滴擴(kuò)增芯片;不再是傳統(tǒng)的“燒開水”加熱模式,代之以平板式單液滴層均勻受熱的方式。在這樣的改進(jìn)之下,TC-1000完成40個PCR循環(huán)只需約45分鐘(TC-2.0升級版更是把時間縮短到了25分鐘?。?,大幅縮短了等待時間,提升了實(shí)驗(yàn)進(jìn)度。這對實(shí)驗(yàn)人員而言,無疑是莫大的福利——高效完成工作,不加班——愛工作,也愛生活。上海一體化數(shù)字PCR分析應(yīng)用
廣州雙螺旋科學(xué)儀器有限公司在數(shù)字PCR,純水機(jī),病理切片機(jī),倍性分析儀一直在同行業(yè)中處于較強(qiáng)地位,無論是產(chǎn)品還是服務(wù),其高水平的能力始終貫穿于其中。公司位于廣州市黃埔區(qū)銳豐三街4號617房,成立于2015-04-17,迄今已經(jīng)成長為精細(xì)化學(xué)品行業(yè)內(nèi)同類型企業(yè)的佼佼者。雙螺旋科學(xué)儀器以數(shù)字PCR,純水機(jī),病理切片機(jī),倍性分析儀為主業(yè),服務(wù)于精細(xì)化學(xué)品等領(lǐng)域,為全國客戶提供先進(jìn)數(shù)字PCR,純水機(jī),病理切片機(jī),倍性分析儀。多年來,已經(jīng)為我國精細(xì)化學(xué)品行業(yè)生產(chǎn)、經(jīng)濟(jì)等的發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。