網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)：網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建是網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究的中心，網(wǎng)絡(luò)由頂點（又稱為節(jié)點）和邊組成，通常，頂點是被調(diào)查的主體或?qū)嶓w，如基因、蛋白質(zhì)。是根據(jù)研究目的選用合適的評價算法或模型獲得節(jié)點元素間的相互關(guān)聯(lián)，并構(gòu)建相應(yīng)網(wǎng)絡(luò)模型的過程。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)節(jié)點種類的不同，可分為同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)和異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)兩種基本類型：（1）同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)，如藥物-藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)、疾病相似網(wǎng)絡(luò)等；（2）異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)又稱二部網(wǎng)絡(luò)(Bipartitenetwork)，如藥物-靶點網(wǎng)絡(luò)、疾病-基因網(wǎng)絡(luò)、藥物-副作用網(wǎng)絡(luò)等。異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中同類節(jié)點間不存在連接關(guān)系，而更復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)模型可以通過整合同質(zhì)網(wǎng)絡(luò)和異質(zhì)網(wǎng)絡(luò)形成。定義邊（頂點連接）在網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建中很重要。根據(jù)節(jié)點關(guān)聯(lián)關(guān)系發(fā)現(xiàn)算法，網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的策略主要有三大類：基于知識、基于實驗數(shù)據(jù)和基于計算預(yù)測。介數(shù)是網(wǎng)絡(luò)中所有較短路徑中經(jīng)過該節(jié)點的路徑的數(shù)目占較短路徑總數(shù)的比例。安徽醫(yī)學(xué)專業(yè)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究進展：中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)的研究：中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)是指中藥發(fā)揮藥效的活性成分體系。中藥及其復(fù)方的成分多而雜，很難將其活性成分歸結(jié)為某一種特定物質(zhì)，也并非只作用于某一特定靶點。藥效是多成分、多靶點、多生物調(diào)節(jié)功能協(xié)同作用的結(jié)果。目前中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)的研究方法通常是對某一類化合物或者單體的研究，但對于基于協(xié)同作用而發(fā)揮藥效的藥物很難研究清楚。運用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)，根據(jù)藥物之間的結(jié)構(gòu)、功效來構(gòu)建藥物-藥物網(wǎng)絡(luò)，可有效地預(yù)測中藥的有效成分。吉林網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是當(dāng)前中藥學(xué)科的研究前沿，其融合了系統(tǒng)生物學(xué)和多向藥理學(xué)的思想。
當(dāng)今世界，人們生活水平相對以前有了明顯提高，經(jīng)濟發(fā)展迅速，然而健康問題一直是人們所關(guān)注的話題，疾病越來越復(fù)雜，新型疾病的發(fā)現(xiàn)給人類健康造成巨大威脅，因此提高醫(yī)療水平對保障人們的健康，增加幸福指數(shù)有極大意義，而醫(yī)療水平的提高離不開品質(zhì)高的效果藥物，離不開新藥的研發(fā)。藥物不只承擔(dān)著防治疾病，養(yǎng)生續(xù)命的作用，同時也是社會經(jīng)濟建設(shè)中不可或缺的部分。傳統(tǒng)藥物的發(fā)現(xiàn)主要集中于單一靶點的高特異性阻止劑，藥物基本都是單體化合物，作用于某個特定的靶點。然而通過大規(guī)模功能基因組研究證明，只有不到10%的基因敲除具有醫(yī)療價值，而且單一靶點的高特異性的藥物對復(fù)雜疾病的醫(yī)療通常難以獲得明顯療效，傳統(tǒng)新藥研發(fā)的“單基因-單靶點-單疾病”模式在新藥研發(fā)中遇到巨大瓶頸及嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法目前普遍應(yīng)用于中醫(yī)藥領(lǐng)域,為中藥預(yù)測提供了科學(xué)的技術(shù)和理論，為復(fù)雜的中藥體系的研究提供了思路。不但為提高中藥的安全性和合理用藥提供技術(shù)支持，也必將推進中藥現(xiàn)代化的進程。針對中藥復(fù)方的現(xiàn)代化研究，普略醫(yī)學(xué)總結(jié)了一套兼具創(chuàng)新性和可行性的研究思路：首先利用疾病動物模型進行藥物干預(yù)，通過效果相關(guān)指標(biāo)檢測，確定療效；其次結(jié)合基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的compound-target-pathway預(yù)測，利用代謝組學(xué)、蛋白組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)及三組學(xué)聯(lián)合分析進行復(fù)方藥物干預(yù)機制研究；然后利用細(xì)胞和動物模型，通過PCR、WB、IHC、免疫熒光、免疫共沉淀、質(zhì)譜、電鏡等檢測手段進行具體通路分子和相關(guān)指標(biāo)的檢測和驗證；較后利用高效液相色譜技術(shù)進行復(fù)方組分分離，利用質(zhì)譜技術(shù)結(jié)合疾病模型驗證進行有效組分分析和單體鑒定。相信未來網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)將被越來越多地運用于到藥學(xué)領(lǐng)域的研究中。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)還受到許多毒理學(xué)研究者的高度重視。基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)等的研究提出了網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)研究的理念，即根據(jù)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)模型來研究藥物的毒理學(xué)性質(zhì)。通過對網(wǎng)絡(luò)模型的關(guān)聯(lián)分析及揭示藥物的不良反應(yīng)及機制。從相關(guān)數(shù)據(jù)庫中提取出基因、蛋白、不良反應(yīng)等要素，將這些要素作為節(jié)點，運用計算機技術(shù)構(gòu)建不良反應(yīng)－藥物－基因、靶點網(wǎng)絡(luò)模型，推測和判斷藥物的不良反應(yīng)及產(chǎn)生不良反應(yīng)的物質(zhì)。該研究思路不只為毒理學(xué)研究帶來了全新視角，也為藥物的安全性評價提供了新的依據(jù)。范驍輝等討論了建立網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)及中藥網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)研究思路，談到復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析技術(shù)的快速發(fā)展為網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)的誕生奠定了基礎(chǔ)。建立中藥網(wǎng)絡(luò)毒理學(xué)，有望為開展有毒中藥的毒性成分篩查、致毒機制和配伍禁忌等研究提供了新的手段，不只為提高中藥的安全性和合理用藥提供技術(shù)支持，也必將推進中藥現(xiàn)代化的進程。藥物靶點在人體生物網(wǎng)絡(luò)中以一定的規(guī)律分布，且不同種類藥物的靶點在網(wǎng)絡(luò)中分布的位置各不相同。吉林網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的發(fā)展可追溯至20世紀(jì)90年代。安徽醫(yī)學(xué)專業(yè)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是運用多種數(shù)據(jù)庫及軟件綜合分析、篩選、構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖，其中主要的數(shù)據(jù)庫、軟件及相關(guān)作用如下:中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫和分析平臺(TCMSP)主要用于藥物化合物成分及相關(guān)靶標(biāo)的篩選;通用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(Uniprot)用于靶標(biāo)蛋白基因的搜索篩選;有機小分子生物活性數(shù)據(jù)庫(Pubchem/OMIM)用于藥物化合物2D、3D結(jié)構(gòu)搜索;人類基因數(shù)據(jù)庫(GeneCards)用于疾病基因搜索篩選;在線韋恩圖反映藥物篩選靶標(biāo)基因與疾病基因的交集基因;蛋白互作平臺數(shù)據(jù)庫(STRING)用于構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI);生物學(xué)信息注釋數(shù)據(jù)庫(DAVIDv6.8)用于GO分類富集和KEGG通路富集分析;在線云平臺(Omicshare)主要用于GO分類富集分析和KEGG通路分析結(jié)果繪制氣泡圖;GraphPadPrism6制圖軟件主要用于GO分類富集分析和KEGG通路分析結(jié)果繪制柱狀圖;網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治鲕浖﨏ytoscapeVersion3.6.1主要用于構(gòu)建“成分-靶標(biāo)-通路”網(wǎng)絡(luò)。安徽醫(yī)學(xué)專業(yè)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)服務(wù)
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