ChIP實驗的基本步驟包括:
1. 交聯(lián)(Crosslinking):細胞被甲醛等交聯(lián)劑處理,使得蛋白質(zhì)和DNA之間的相互作用被固定,形成穩(wěn)定的蛋白質(zhì)-DNA復合物。
2. 細胞裂解:裂解細胞,釋放染色質(zhì),同時保持蛋白質(zhì)-DNA復合物的完整性。
3. 超聲或酶解:通過超聲或酶解將染色質(zhì)切割成較小的片段,以便于后續(xù)步驟中的免疫沉淀。
4. 免疫沉淀(Immunoprecipitation):加入針對特定組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子的抗體,這些抗體會特異性地結(jié)合到目標蛋白質(zhì)上。
5. 捕獲復合物:使用蛋白A或蛋白G結(jié)合的珠子捕獲抗體-蛋白質(zhì)-DNA復合物。
6. 洗滌:洗滌珠子以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)和DNA片段。
7. 逆轉(zhuǎn)錄交聯(lián):將捕獲的復合物從珠子上洗脫,并進行逆轉(zhuǎn)錄交聯(lián),使固定的蛋白質(zhì)-DNA復合物分離。
8. DNA純化:純化從免疫沉淀中得到的DNA片段。
9. 分析:通過qPCR、芯片分析(ChIP-chip)或高通量測序(ChIP-seq)等方法分析沉淀的DNA片段,以確定特定蛋白質(zhì)在基因組上的結(jié)合位點。
免疫沉淀的操作步驟?北京IP免疫沉淀磁珠現(xiàn)貨
Co-IP的優(yōu)勢:
1. 生理相關(guān)性:Co-IP可以在接近生理條件的條件下捕獲蛋白質(zhì)相互作用。
2. 特異性:使用特異性抗體可以提高實驗的特異性。
3. 廣泛應用:Co-IP技術(shù)適用于多種樣本類型,包括細胞培養(yǎng)、組織樣本等。
Co-IP的局限性:
1. 抗體依賴性:需要高質(zhì)量的特異性抗體,否則可能得到假陽性或假陰性結(jié)果。
2. 非特異性結(jié)合:可能存在非特異性結(jié)合問題,需要仔細的實驗設計和對照來控制。
3. 技術(shù)挑戰(zhàn):對于低豐度或弱相互作用的蛋白質(zhì),Co-IP可能面臨技術(shù)挑戰(zhàn)。
蛋白免疫沉淀選磁珠還是瓊脂糖珠免疫沉淀技術(shù)RIP的應用有哪些?
免疫沉淀Co-IP實驗中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實驗情況。
瓊脂糖珠海綿狀的結(jié)構(gòu) (直徑 50-150 μm) 可以結(jié)合抗體 (繼而結(jié)合靶蛋白) ,它能夠直接高效、快速結(jié)合抗體,而不需借助特殊的專業(yè)設備。瓊脂糖珠呈多孔結(jié)構(gòu),這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質(zhì)相互接觸,具有更高的結(jié)合載量。
與瓊脂糖珠不同,磁珠是固體,抗體的結(jié)合限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ,盡管磁珠沒有多孔中心增加結(jié)合能力,但每體積的磁珠數(shù)量比瓊脂糖珠多,使磁珠擁有足夠的抗體結(jié)合表面積滿足高容量的抗體結(jié)合。
簡而言之,瓊脂糖珠的結(jié)合能力較強,而磁珠在得率,可重復性以及自動化方面有明顯的優(yōu)勢。
免疫沉淀(ChIP)實驗中抗體的選擇非常關(guān)鍵,因為抗體的特異性和親和力直接影響到實驗的成功與否。
1. 特異性:抗體應當對目標蛋白具有高度的特異性,以避免與其他蛋白發(fā)生非特異性結(jié)合,導致假陽性結(jié)果。
2. 親和力:抗體對目標蛋白的親和力要足夠高,以確保在免疫沉淀過程中能夠有效地捕獲目標蛋白。
3. 抗體類型:單克隆抗體和多克隆抗體都可以用于IP實驗。單克隆抗體提供更高的特異性和批間一致性,而多克隆抗體可能提供更強的結(jié)合能力和更廣的表位覆蓋。
4. 應用驗證:選擇已經(jīng)過免疫沉淀(ChIP)或相關(guān)應用(如Western blot, IHC)驗證的抗體,這增加了實驗成功的可能性。
5. 供應商信息:選擇信譽良好的抗體供應商,并查看供應商提供的技術(shù)數(shù)據(jù)和客戶評價,以幫助做出決策。
免疫沉淀樣本的制備。
免疫沉淀是利用抗體特異性反應純化富集目的蛋白的一種方法??贵w與細胞裂解液或表達上清中相應的蛋白結(jié)合后,再與蛋白A/G(ProteinA/G)或二抗偶聯(lián)的珠子(agarose或Sepharose)孵育,通過離心得到珠子-蛋白A/G或二抗-抗體-目的蛋白復合物,沉淀經(jīng)過洗滌后,重懸于電泳上樣緩沖液,煮沸5-10min,在高溫及還原劑的作用下,抗原與抗體解離,離心收集上清,上清中包括抗體、目的蛋白和少量的雜蛋白。免疫沉淀是一種生物學技術(shù),它利用抗體的特異性結(jié)合特性來富集和分離混合物中的特定蛋白質(zhì)。這種技術(shù)是研究蛋白質(zhì)表達、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用、蛋白質(zhì)修飾和蛋白質(zhì)功能的強大工具。免疫沉淀技術(shù)IP的實驗設計。ChIP免疫沉淀
免疫沉淀Co-IP抗體的選擇?北京IP免疫沉淀磁珠現(xiàn)貨
Co-IP(Co-Immunoprecipitation,共免疫沉淀)的實驗方法通常包括以下步驟:
1. 細胞培養(yǎng)與裂解:細胞在適宜的培養(yǎng)條件下生長到適當?shù)拿芏取?/span>
蛋白質(zhì)分離:裂解后的細胞混合物通過離心去除未破碎的細胞碎片和未裂解的細胞。收集上清液
2. 抗體的添加:將特異性抗體(針對目標蛋白質(zhì)的抗體)加入到裂解物中。
3. 免疫復合物的形成:抗體與目標蛋白結(jié)合后,形成免疫復合物。
4. 親和介質(zhì)的使用:向混合物中添加蛋白A或蛋白G結(jié)合的珠子(如瓊脂糖或磁性珠子)。
5. 免疫復合物的捕獲:將混合物與珠子孵育一段時間后,使用磁鐵或離心的方法將珠子收集起來,同時捕獲了與之結(jié)合的免疫復合物。
6. 洗滌:洗滌珠子以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)和其他分子。
7. 洗脫:使用適當?shù)木彌_液將免疫復合物從珠子上洗脫下來,常用的緩沖液包括SDS樣品緩沖液,用于后續(xù)的電泳分析。
8. 蛋白質(zhì)分析:洗脫的蛋白質(zhì)可以通過SDS-PAGE凝膠電泳、Western blot、質(zhì)譜分析等方法進行進一步分析。
9. 實驗對照:實驗中應包括陽性對照和陰性對照,以確保實驗結(jié)果的可靠性。
10. 數(shù)據(jù)分析:對實驗結(jié)果進行分析,確認目標蛋白是否成功沉淀,并鑒定任何可能的相互作用蛋白。
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上海世途科生物(CYTOCH)是一家生命科學上游工具類企業(yè)。聚焦于細胞生物學相關(guān)的化學技術(shù)及相關(guān)產(chǎn)品的開發(fā)與生產(chǎn),產(chǎn)品覆蓋細胞培養(yǎng)產(chǎn)品如胎牛血清,支原體檢測,支原體去除試劑等,細胞轉(zhuǎn)染產(chǎn)品如轉(zhuǎn)染試劑,及細胞檢測產(chǎn)品如增殖凋亡檢測,報告基因等多個科研場景,給終端客戶提供良好的產(chǎn)品以及服務。
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