上海Co IP免疫沉淀選磁珠還是瓊脂糖珠

來(lái)源： 發(fā)布時(shí)間：2024-06-12

ChIP（染色質(zhì)免疫沉淀）實(shí)驗(yàn)是一種用于研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的技術(shù)。以下是ChIP實(shí)驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)概述：
1. 目標(biāo)蛋白的選擇：確定您想要研究的目標(biāo)蛋白，例如特定的轉(zhuǎn)錄因子或組蛋白修飾。
2. 樣本的準(zhǔn)備：根據(jù)研究的需要選擇合適的細(xì)胞或組織樣本。
3. 抗體的選擇：選擇具有高特異性和親和力的抗體，這對(duì)于實(shí)驗(yàn)的成功至關(guān)重要。
4. 交聯(lián)：使用甲醛等交聯(lián)劑將蛋白質(zhì)與DNA在體內(nèi)共價(jià)結(jié)合，形成穩(wěn)定的蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物。
5. 細(xì)胞裂解：裂解細(xì)胞以釋放染色質(zhì)，同時(shí)保持蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物的完整性。
6. 染色質(zhì)的剪切：通過(guò)超聲或酶消化將染色質(zhì)剪切成適當(dāng)大小的片段，通常在200-1000 bp之間。
7. 免疫沉淀：使用特定抗體與目標(biāo)蛋白結(jié)合，然后利用蛋白A/G磁珠沉淀復(fù)合物。
8. 洗滌和洗脫：洗滌沉淀物以去除未特異性結(jié)合的蛋白質(zhì)和DNA，然后洗脫目標(biāo)蛋白-DNA復(fù)合物。
9. 逆轉(zhuǎn)交聯(lián)：使用蛋白酶K處理樣品以逆轉(zhuǎn)交聯(lián)，釋放DNA。
10. DNA的純化和分析：純化DNA并使用qPCR、芯片或測(cè)序技術(shù)（如ChIP-seq）進(jìn)行分析。
免疫沉淀技術(shù)IP的實(shí)驗(yàn)方法。上海Co IP免疫沉淀選磁珠還是瓊脂糖珠

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免疫沉淀技術(shù)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)通常包括以下幾個(gè)關(guān)鍵步驟：
1. 目標(biāo)蛋白質(zhì)的選擇：
2. 抗體的選擇：選擇特異性強(qiáng)、親和力高的抗體來(lái)捕獲目標(biāo)蛋白質(zhì)
3. 樣本的準(zhǔn)備：收集和準(zhǔn)備細(xì)胞或組織樣本。
4. 蛋白質(zhì)的裂解和釋放：選擇合適的裂解條件，如pH值、離子強(qiáng)度、去污劑等。
5. 蛋白質(zhì)濃度的測(cè)定：確定裂解液中蛋白質(zhì)的濃度，以便于后續(xù)步驟的標(biāo)準(zhǔn)化。
6. 免疫沉淀的操作：將特異性抗體與裂解液混合，并在適宜的條件下孵育，以形成抗體-抗原復(fù)合物。
7. 非特異性結(jié)合的減少：通過(guò)預(yù)純化步驟去除可能的非特異性結(jié)合蛋白。
8. 洗滌：多次洗滌以去除未結(jié)合的蛋白質(zhì)和雜質(zhì)。
9. 目標(biāo)蛋白質(zhì)的洗脫：使用適當(dāng)?shù)木彌_液洗脫抗體-抗原復(fù)合物。
10. 后續(xù)分析：對(duì)洗脫的蛋白質(zhì)進(jìn)行進(jìn)一步分析，如Western Blot.
11. 對(duì)照實(shí)驗(yàn)：設(shè)計(jì)適當(dāng)?shù)恼龑?duì)照和負(fù)對(duì)照，以評(píng)估實(shí)驗(yàn)的特異性和敏感性。
Protein AG免疫沉淀實(shí)驗(yàn)視頻免疫沉淀選瓊脂糖珠還是磁珠？

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免疫沉淀實(shí)驗(yàn)步驟：
1. 樣品制備
a. 懸浮細(xì)胞樣品處理：離心收集細(xì)胞（4℃, 1000g, 5 min），用手指把細(xì)胞用力彈散。按照6孔板每孔細(xì)胞加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液（裂解液應(yīng)在使用前數(shù)分鐘內(nèi)加入蛋白酶抑制劑Cocktail，使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×）?；靹蚝笾糜诒咸幚?0 min；離心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上備用（或置于-20℃長(zhǎng)期保存）。
b. 貼壁細(xì)胞樣品處理：移去培養(yǎng)基，用PBS清洗細(xì)胞兩遍；用細(xì)胞刮棒刮脫細(xì)胞，收集至1.5mL EP管內(nèi)，按照6孔板每孔加入150-250 μL裂解液的比例加入含蛋白酶抑制劑的裂解液（裂解液應(yīng)在使用前數(shù)分鐘內(nèi)加入蛋白酶抑制劑Cocktail，使蛋白酶抑制劑Cocktail的終濃度為1×）。吹打數(shù)下，使裂解液和細(xì)胞充分接觸?；靹蚝笾糜诒咸幚?0 min；離心收集上清液（4℃, 14000g, 10 min），置于冰上備用（或置于-20℃長(zhǎng)期保存）。
4. 后續(xù)：磁珠預(yù)處理——抗體吸附——抗原結(jié)合反應(yīng)——抗體洗脫

免疫沉淀ChIP實(shí)驗(yàn)中磁珠還是瓊脂糖珠的選擇取決于客戶實(shí)驗(yàn)情況。
瓊脂糖珠海綿狀的結(jié)構(gòu)  (直徑 50-150 μm)  可以結(jié)合抗體  (繼而結(jié)合靶蛋白) ，它能夠直接高效、快速結(jié)合抗體，而不需借助特殊的專業(yè)設(shè)備。瓊脂糖珠呈多孔結(jié)構(gòu)，這使得它們擁有更大的表面積可與蛋白質(zhì)相互接觸，具有更高的結(jié)合載量。
與瓊脂糖珠不同，磁珠是固體，抗體的結(jié)合限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠 ，盡管磁珠沒(méi)有多孔中心增加結(jié)合能力，但每體積的磁珠數(shù)量比瓊脂糖珠多，使磁珠擁有足夠的抗體結(jié)合表面積滿足高容量的抗體結(jié)合。
簡(jiǎn)而言之，瓊脂糖珠的結(jié)合能力較強(qiáng)，而磁珠在得率，可重復(fù)性以及自動(dòng)化方面有明顯的優(yōu)勢(shì)。
免疫沉淀技術(shù)Co-IP實(shí)驗(yàn)步驟。

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免疫共沉淀分析（Co-IP）與IP十分類似，基本的技術(shù)都是采用目標(biāo)抗原特異性的固相化抗體；但I(xiàn)P的目標(biāo)是純化單一抗原，而Co-IP旨在分離抗原及與抗原結(jié)合的蛋白質(zhì)或配體。

在Co-IP實(shí)驗(yàn)中，已知抗原稱為誘餌蛋白，與之結(jié)合的蛋白則稱為靶蛋白。靶蛋白可能是一些復(fù)雜的伴侶蛋白、信號(hào)分子、結(jié)構(gòu)蛋白、輔助因子等，蛋白間相互作用強(qiáng)度范圍可能介于高度瞬時(shí)和十分穩(wěn)定之間。
基本的Co-IP實(shí)驗(yàn)方案與IP相同，實(shí)際上任何IP系統(tǒng)均可用于Co-IP。但是，還有許多其他因素需要考慮，例如，結(jié)合和洗滌條件的優(yōu)化，優(yōu)化時(shí)，需要考慮到誘餌蛋白-靶蛋白的相互作用強(qiáng)度以及抗體-誘餌蛋白的親和力。
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RIP技術(shù)的優(yōu)勢(shì)在于：
1. 特異性：利用特異性抗體，可以精確地捕獲目標(biāo)RNA結(jié)合蛋白及其相互作用的RNA。
2. 應(yīng)用場(chǎng)景多：適用于研究RNA結(jié)合蛋白、miRNA、lncRNA等非編碼RNA與蛋白質(zhì)的相互作用。
3. 技術(shù)結(jié)合：RIP后的RNA可以用于多種下游分析，如qPCR、測(cè)序等，為研究RNA的功能和調(diào)控提供了重要信息。
RIP技術(shù)的限制包括：
1. 抗體質(zhì)量：需要高質(zhì)量的特異性抗體，否則可能得到假陽(yáng)性或假陰性結(jié)果。
2. 非特異性結(jié)合：可能存在非特異性結(jié)合問(wèn)題，需要仔細(xì)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和對(duì)照來(lái)控制。
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標(biāo)簽： 支原體 免疫沉淀