高同源SNP分型

競爭性等位基因特異性PCR法——KASP（KompetitiveAlleleSpecificPCR），是英國LGC（**化學(xué)家實(shí)驗(yàn)室）公司所開發(fā)的技術(shù)，被比較常見用于少位點(diǎn)，多樣本的SNP分型中，與TaqMan熒光探針法有一定相似性。KASP基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels(InsertionsandDeletions，插入和缺失)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位，是上海市****，至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)（高同源區(qū)段SNP分型）和質(zhì)控試劑盒。高同源區(qū)段是二倍體和多倍體都存在的，由于多倍體來自染色體加倍，高同源區(qū)段在多倍體中更是普遍現(xiàn)象。高同源SNP分型

SNP基因分型技術(shù)原理是PCR擴(kuò)增含有SNP的基因組片段，主要特點(diǎn)是準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)、通量大，主要方法是TaqMan探針法。首先通過PCR擴(kuò)增含有SNP的基因組片段，然后通過序列特異性引物實(shí)現(xiàn)單堿基延伸，隨后樣品分析物與芯片基質(zhì)共結(jié)晶后在真空管中受瞬時納秒 (10-9s) 強(qiáng)激光激發(fā)。核酸分子因此解吸附成為單電荷離子，由于電場中離子飛行時間與離子質(zhì)量成反比，通過檢測核酸分子在真空管中的飛行時間而獲得樣品分析物的精確分子量，從而檢測出SNP位點(diǎn)信息。河南分型技術(shù)服務(wù)高同源區(qū)段在多倍體物種中，又細(xì)分為橫向同源和部分同源。

連接酶檢測反應(yīng)(LigaseDetectionReaction，LDR)是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對基因多態(tài)性位點(diǎn)的識別，高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯配，連接反應(yīng)就不能進(jìn)行。該方法，對SNP位點(diǎn)同時設(shè)計(jì)兩條有長度差異的探針，當(dāng)探針末端與模板有一個堿基不配對，所以連接反應(yīng)不能進(jìn)行，沒有連接產(chǎn)物；相反，若探針與模板DNA完全互補(bǔ)，故進(jìn)行連接反應(yīng)，通過溫控循環(huán)，該特異性連接反應(yīng)可反復(fù)進(jìn)行，達(dá)到線性擴(kuò)增的效果。，后通過熒光掃描片段長度，實(shí)現(xiàn)對SNP位點(diǎn)的檢測。

TaqMan熒光探針法優(yōu)點(diǎn)是操作簡單，準(zhǔn)確性高（閉管進(jìn)行，減少污染），判讀也很方便，認(rèn)可度高；適合多樣本，少位點(diǎn)。但是其也有不可忽視的限制性，如探針合成耗時較長，價格昂貴，為了保證探針的穩(wěn)定質(zhì)量，一般大家會選擇A公司合成。TaqMan熒光探針法一般為只有幾個位點(diǎn)時適用，并且對樣本的質(zhì)量要求較高，除了樣本無降解外，要需要濃度盡可能的一致。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司，地址：上海市松江區(qū)龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號502翼和生物推出了多重長PCR捕獲建庫的方案，有效解決了高同源區(qū)段SNP/序列分析的難題。

SNP全稱Single Nucleotide Polymorphism，即單核苷酸多態(tài)性，是指在基因組DNA序列中由于單個核苷酸（A，T，C和G）的突變引起的多態(tài)性。一個SNP表示基因組某個位點(diǎn)有一個核苷酸的變化，源于單個堿基的轉(zhuǎn)換，顛換，插入和缺失。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位，是上海市****，至今已有十六年歷史，專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)（高同源區(qū)段SNP分型）和質(zhì)控試劑盒。二代測序SNP分型，針對同源片段數(shù)量比較少的區(qū)段，PCR擴(kuò)增后建庫時，隨機(jī)抽樣抽到目的片段的概率比較高。同源SNP分型送樣要求

在經(jīng)濟(jì)作物育種領(lǐng)域，檢測SNP可實(shí)現(xiàn)對所需性狀的早期選擇。高同源SNP分型

理論上講，SNP既可能是二等位多態(tài)性，也可能是3個或4個等位多態(tài)性，但實(shí)際上，后兩者非常少見，幾乎可以忽略。因此，通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換（C T，在其互補(bǔ)鏈上則為G A），也可能是顛換（C A，G T，C G，A T）。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異，具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3，其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點(diǎn)。轉(zhuǎn)換的幾率之所以高，可能是因?yàn)镃pG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中，易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在基因序列內(nèi)，也有可能在基因以外的非編碼序列上?？偟膩碚f，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP（coding SNP,cSNP）比較少，因?yàn)樵谕怙@子內(nèi)，其變異率*及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此cSNP的研究更受關(guān)注。高同源SNP分型

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