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相信大家都聽過或已經(jīng)接觸過一些常用的分型方法,如片段長度多態(tài)性(限制性內(nèi)切酶)法,直接測序法,Taqman熒光探針法,LDR連接酶檢測反應(yīng)法,競爭性等位基因特異性PCR法(KASP),二代測序法等,小E就針對以上幾種常用分型方法為大家做一個介紹和總結(jié)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限上海翼和**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。但是當位點數(shù)和樣本量都比較大的時候,長片段PCR增加成本,工作量也非常龐大了。浙江同源序列SNP分型機構(gòu)
主要是指同源蛋白質(zhì)的氨基酸序列或者堿基序列相似的程度。主要包括氨基酸序列和堿基序列。把幾個相似的或相關(guān)的氨基酸或堿基的序列放到NCBI或者clustalw軟件中進行對比,比對出其相似的程度。相似度越高,說明序列的同源性越高。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學會理事單位,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學技術(shù)服務(wù)和質(zhì)控試劑盒。基于自主知識產(chǎn)權(quán)的多重PCR技術(shù),翼和生物研發(fā)和改良了適用于熒光定量PCR、一代測序和二代高通量測序平臺的多種檢測技術(shù)和產(chǎn)品,逐步形成了在細胞組織和動物模型質(zhì)控、大健康檢測和科學研究3大板塊產(chǎn)品布局。上海SNP分型哪里做在進行基因組研究中經(jīng)常會遇到各類高同源區(qū)段,比如人基因組中P450基因家族,HLA基因座位。
上海翼和生物基于自主知識產(chǎn)權(quán)的多重PCR捕獲技術(shù),結(jié)合特色的生信分析方法,開發(fā)了基于多重PCR的多倍體擴增子測序SNP分型,**提高了SNP分型的準確度。二代測序得到單分子序列信息,通過特色生信分析方法,對混合結(jié)果進行有效拆分,準確地將測序reads比對到亞基因組,拆分亞基因組同原序列,排除PSV和HSV的干擾,從而對多倍體物種進行SNP精細分型。應(yīng)用方向農(nóng)口:全基因組SNP基因型分析;QTL定位及基因定位;發(fā)現(xiàn)優(yōu)良等位變異;開發(fā)功能標記;定制育種Panel;分子標記輔助選擇育種;遺傳材料前景及背景選擇;全基因組選擇;親緣關(guān)系鑒定、DNA指紋圖譜、品種鑒定;遺傳多樣性評價;群體遺傳結(jié)構(gòu)分析。
競爭性等位基因特異性PCR法——KASP(KompetitiveAlleleSpecificPCR),是英國LGC(**化學家實驗室)公司所開發(fā)的技術(shù),被比較常見用于少位點,多樣本的SNP分型中,與TaqMan熒光探針法有一定相似性。KASP基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels(InsertionsandDeletions,插入和缺失)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學會理事單位,是上海市****,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學技術(shù)服務(wù)(高同源區(qū)段SNP分型)和質(zhì)控試劑盒。多重PCR是降低長片段PCR擴增成本的有效方式。
二代測序法主要通過PCR的方法,對目標SNP位點進行特異性捕獲。為了提**型的通量,目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點進行捕獲(可同時對1-100位點進行分型)。由于二代測序通量是足夠滿足數(shù)百數(shù)千樣本的同時測序,因此需要對不同的樣本添加***的樣本標簽(Barcode),從而在后續(xù)數(shù)據(jù)分析過程中,能夠進行樣本拆分。因此在多重PCR完成***輪多SNP位點捕獲后,需要進行第二輪PCR,在***輪PCR產(chǎn)物的基礎(chǔ)上,添加樣本樣本標簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優(yōu)化,目前亦可實現(xiàn)一次反應(yīng),兩輪PCR接力完成的效果。SNP基因分型技術(shù)原理是PCR擴增含有SNP的基因組片段。浙江高同源區(qū)段分型公司
.多重長片段PCR擴增特異性序列,其產(chǎn)物可以作為后續(xù)SNP分型的模板。浙江同源序列SNP分型機構(gòu)
RFLP法的優(yōu)點是分型技術(shù)簡單,結(jié)果判斷容易,不需要昂貴的設(shè)備,成本低,并且實驗人員培訓簡單。但是通過SNP能夠?qū)е翿FLP的概率低,很多SNP位點不能采用這種方法進行檢測,而且有的限制性酶價格昂貴并且不容易買到。通常酶切的條件較高,容易出現(xiàn)假陽性結(jié)果,且工作量大,耗時長,通量低。這是早期的一種SNP分型技術(shù),在通量和效率上難以滿足批量分型需求,因此這種技術(shù)目前只在個別實驗室中還在使用中。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司浙江同源序列SNP分型機構(gòu)
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。翼和生物致力于為客戶提供良好的細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù),一切以用戶需求為中心,深受廣大客戶的歡迎。公司注重以質(zhì)量為中心,以服務(wù)為理念,秉持誠信為本的理念,打造醫(yī)藥健康良好品牌。在社會各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務(wù)體驗,為客戶成功提供堅實有力的支持。