上海STRSNP分型周期

理論上講，SNP既可能是二等位多態(tài)性，也可能是3個(gè)或4個(gè)等位多態(tài)性，但實(shí)際上，后兩者非常少見，幾乎可以忽略。因此，通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換（CT，在其互補(bǔ)鏈上則為GA），也可能是顛換（CA，GT，CG，AT）。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異，具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3，其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點(diǎn)。轉(zhuǎn)換的幾率之所以高，可能是因?yàn)镃pG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中，易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在基因序列內(nèi)，也有可能在基因以外的非編碼序列上?？偟膩碚f，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP（codingSNP,cSNP）比較少，因?yàn)樵谕怙@子內(nèi)，其變異率及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此cSNP的研究更受關(guān)注。也可由堿基的插入或缺失所致。但通常所說的SNP并不包括后兩種情況。上海STRSNP分型周期

TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針，熒光基團(tuán)連接在探針的5’末端，而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應(yīng)體系中加入2種不同熒光標(biāo)記的探針，它們可以分別與2個(gè)等位基因完全配對。正常情況下，由于探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)緊鄰在一起，熒光被淬滅。隨著PCR有效的進(jìn)行，與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割，致使探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)分離，淬滅效應(yīng)解除，報(bào)告熒光基團(tuán)被，檢測到熒光信號，相反，如果模板不能完全配對的探針（另一種等位基因）不能被有效切割，因此檢測不到熒光信號，從而實(shí)現(xiàn)SNP位點(diǎn)的分型檢測。南京SNP分型周期目前在nature genetics和cell這樣的雜志，也不乏SNP的文章。

目前市場上有多個(gè)廠家提供HRM分析的儀器，包括IdahoTechnology、Corbett（QIAGEN）、Roche等，有些是HRM的儀器，有些則是附帶HRM功能的定量PCR儀。HRM的發(fā)明者—美國猶他大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Wittwer實(shí)驗(yàn)室曾評估了市場上多臺儀器在基因分型和突變掃描上的性能1。他們發(fā)現(xiàn)，對于大部分儀器的準(zhǔn)確基因分型來說，主要限制在于平板上的空間溫度差異（Tm的標(biāo)準(zhǔn)偏差為0.020-0.264°C）。其它差異如數(shù)據(jù)密度、信噪比和熔解速率，也會影響雜合體的掃描。經(jīng)過比較發(fā)現(xiàn)，空氣加熱型儀器以及樣品溫度單獨(dú)控制的儀器有著更低的Tm標(biāo)準(zhǔn)偏差（0.018-0.065），而加熱塊型儀器則在0.092-0.274。

在擁有飽和染料和高分辨率儀器之后，HRM分析就可以開始啦。這個(gè)過程其實(shí)很簡單，就是對PCR的擴(kuò)增子進(jìn)行加熱，溫度從50°C逐漸上升到95°C。在此過程中，擴(kuò)增子逐漸解鏈，在到達(dá)熔解溫度（Tm）時(shí)，DNA鏈完全分開。在HRM分析的初期，熒光強(qiáng)度很高，隨著溫度升高，雙鏈DNA逐漸減少，熒光強(qiáng)度也就下降了。HRM儀器通過照相機(jī)，記錄下熒光變化的整個(gè)過程。通過對數(shù)據(jù)的作圖，就生成了熔解曲線。上海翼和**團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價(jià)比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。由于SNP的二態(tài)性，非此即彼，在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析這就利于發(fā)展自動化技術(shù)篩選或檢測SNPs.

SNP(單核苷酸多態(tài)性)是，新發(fā)展起來的第三代分子標(biāo)記技術(shù),具有分布廣,多態(tài)信息量大,易于檢測和統(tǒng)計(jì)分析等特點(diǎn).目前,SNP技術(shù)在水稻,玉米,大豆等作物研究中應(yīng)用較多.本文綜述該技術(shù)在這些作物的遺傳標(biāo)記,分子標(biāo)記輔助選擇,構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜,繪制EST圖譜等方面的研究進(jìn)展.上海翼和**團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領(lǐng)下，秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神，為科研用戶提供性價(jià)比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。在經(jīng)濟(jì)作物育種領(lǐng)域，檢測SNP可實(shí)現(xiàn)對所需性狀的早期選擇。SSR基因SNP分型哪里好

SNP對于樣本量，我們是比較有優(yōu)勢的，人口基數(shù)大，有大量的病例資源。上海STRSNP分型周期

TaqMan熒光探針法優(yōu)點(diǎn)是操作簡單，準(zhǔn)確性高（閉管進(jìn)行，減少污染），判讀也很方便，認(rèn)可度高；適合多樣本，少位點(diǎn)。但是其也有不可忽視的限制性，如探針合成耗時(shí)較長，價(jià)格昂貴，為了保證探針的穩(wěn)定質(zhì)量，一般大家會選擇A公司合成。TaqMan熒光探針法一般為只有幾個(gè)位點(diǎn)時(shí)適用，并且對樣本的質(zhì)量要求較高，除了樣本無降解外，要需要濃度盡可能的一致。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司，地址：上海市松江區(qū)龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號502上海STRSNP分型周期

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