二代測序的建庫步驟④
四、接頭連接
接頭選擇:根據(jù)測序平臺的要求選擇合適的接頭。不同的二代測序平臺(如Illumina、IonTorrent等)有各自特定設(shè)計(jì)的接頭。這些接頭包含與測序平臺的流動(dòng)池(flowcell)表面互補(bǔ)的序列,用于將DNA片段固定在測序芯片上,還包含用于區(qū)分不同樣本的索引序列(index)等。
連接反應(yīng):使用DNA連接酶將接頭與DNA片段連接。T4DNA連接酶是常用的連接酶,它可以在ATP(三磷酸腺苷)存在下,將接頭的5'-磷酸基團(tuán)與DNA片段的3'-羥基形成磷酸二酯鍵,從而將接頭連接到DNA片段的兩端。連接反應(yīng)的條件(如溫度、連接酶的用量、反應(yīng)時(shí)間等)需要根據(jù)具體的實(shí)驗(yàn)要求進(jìn)行優(yōu)化,以確保較高的連接效率。 二代測序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。新疆哪里有二代測序
二代測序——蛋白質(zhì)甲基化
概念及位置:蛋白質(zhì)甲基化是指在蛋白質(zhì)的氨基酸殘基上添加甲基基團(tuán)。常見的甲基化修飾位點(diǎn)包括精氨酸(Arg)和賴氨酸(Lys)殘基。
作用
1、調(diào)節(jié)蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用:例如,組蛋白(染色體的組成成分)的甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,影響基因的可及性。當(dāng)組蛋白 H3 的賴氨酸殘基(如 H3K4、H3K9 等)發(fā)生甲基化時(shí),會招募不同的蛋白質(zhì)復(fù)合物,從而***或抑制基因轉(zhuǎn)錄。2、調(diào)節(jié)酶的活性:某些酶的活性可以通過蛋白質(zhì)甲基化來調(diào)節(jié)。甲基化可能改變酶的活性中心的結(jié)構(gòu)或者影響其與底物的結(jié)合能力。
檢測方法:質(zhì)譜分析:這是一種***用于檢測蛋白質(zhì)甲基化的方法。它能夠精確地確定蛋白質(zhì)分子的質(zhì)量,通過比較甲基化和未甲基化蛋白質(zhì)的質(zhì)譜圖,可以鑒定甲基化位點(diǎn)和修飾程度。 安徽哪里有二代測序公司二代測序需要多久才能完成?
二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的應(yīng)用領(lǐng)域
1、基礎(chǔ)生物學(xué)研究:可以用于研究生物的發(fā)育過程。例如,在胚胎發(fā)育過程中,通過轉(zhuǎn)錄組測序可以了解不同階段胚胎細(xì)胞中基因的表達(dá)變化,揭示胚胎發(fā)育的分子機(jī)制。還可以用于物種進(jìn)化研究,比較不同物種間轉(zhuǎn)錄組的差異,推斷基因表達(dá)的進(jìn)化模式。
2、醫(yī)學(xué)研究和臨床診斷:在疾病研究方面,用于尋找疾病相關(guān)的生物標(biāo)志物。例如,在**研究中,通過對比**組織和正常組織的轉(zhuǎn)錄組,可以發(fā)現(xiàn)一些在**中特異性高表達(dá)或低表達(dá)的基因,這些基因有望成為**診斷、預(yù)后判斷的標(biāo)志物。同時(shí),也可以用于藥物研發(fā),通過轉(zhuǎn)錄組測序了解藥物作用后細(xì)胞基因表達(dá)的變化,評估藥物療效和毒性。
3、農(nóng)業(yè)和植物學(xué)研究:在作物育種中,可以研究不同品種作物在抗逆性(如抗旱、抗寒、抗病)等方面的基因表達(dá)差異,為培育優(yōu)良品種提供理論依據(jù)。在植物生長發(fā)育研究中,分析植物在不同生長環(huán)境和生長階段的轉(zhuǎn)錄組變化,了解植物***等因素對植物生長的調(diào)控機(jī)制。
什么樣本可以做二代測序?③
細(xì)胞樣本
培養(yǎng)細(xì)胞:包括各種原代培養(yǎng)細(xì)胞和細(xì)胞系。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究中,對培養(yǎng)的細(xì)胞進(jìn)行測序可以了解細(xì)胞的基因特征和功能變化。例如,在研究細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路時(shí),對經(jīng)過特定刺激處理的培養(yǎng)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,以分析基因表達(dá)的上調(diào)或下調(diào)情況。
脫落細(xì)胞:如痰液中的脫落細(xì)胞、尿液中的脫落細(xì)胞等。這些細(xì)胞可以用于某些疾病的篩查。例如,在肺*篩查中,對痰液中的脫落細(xì)胞進(jìn)行基因檢測,通過二代測序?qū)ふ曳?相關(guān)的基因突變,作為一種非侵入性的檢測方法。 NGS測序是二代測序嗎?
二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③
孕婦及胎兒
優(yōu)勢:無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應(yīng)用,對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準(zhǔn)確率分別能達(dá)到95%、85%、75%以上,明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細(xì)胞,可能與胎兒實(shí)際情況不一致,導(dǎo)致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等,會使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,造成假陰性510. 什么是二代測序技術(shù)?海南嘉安健達(dá)二代測序價(jià)格
單細(xì)胞測序也是二代測序。新疆哪里有二代測序
二代測序的應(yīng)用領(lǐng)域有哪些?
基因組學(xué)研究:用于全基因組測序,快速獲取物種的基因組序列信息,研究基因組結(jié)構(gòu)、變異、進(jìn)化等;進(jìn)行全外顯子組測序,重點(diǎn)關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)的基因突變。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究:通過對轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序,可分析基因的表達(dá)水平、可變剪接、新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等,有助于深入了解基因在不同生理和病理狀態(tài)下的表達(dá)調(diào)控機(jī)制。
疾病診斷與***:在遺傳病診斷中,能夠檢測出導(dǎo)致遺傳病的基因突變,為疾病的診斷、遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷提供依據(jù);在**研究中,可分析腫瘤細(xì)胞的基因突變、拷貝數(shù)變異、基因融合等,為**的早期診斷、靶向***和預(yù)后評估提供支持。
藥物研發(fā):用于藥物靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證,通過分析疾病相關(guān)的基因變異和表達(dá)變化,確定潛在的藥物作用靶點(diǎn);還可進(jìn)行藥物基因組學(xué)研究,預(yù)測患者對藥物的反應(yīng)和不良反應(yīng),實(shí)現(xiàn)個(gè)體化藥物***。
微生物學(xué)研究:對微生物群落進(jìn)行宏基因組測序,無需培養(yǎng)即可分析微生物的種類、豐度和功能基因,了解微生物群落的結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)變化,研究微生物與宿主的相互作用,以及在環(huán)境科學(xué)、農(nóng)業(yè)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用
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