江蘇二代測(cè)序檢測(cè)

④二代測(cè)序一般多久出結(jié)果？

4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度

數(shù)據(jù)分析是二代測(cè)序的重要環(huán)節(jié)。簡(jiǎn)單的分析，如檢測(cè)已知的單核苷酸多態(tài)性（SNP），可以通過(guò)與參考基因組比對(duì)后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析，如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)或者進(jìn)行從頭組裝（denovoassembly），則需要更復(fù)雜的算法和更多的計(jì)算資源，花費(fèi)的時(shí)間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如，對(duì)于常規(guī)的SNP檢測(cè)和注釋?zhuān)瑪?shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成；而對(duì)于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析，可能需要3-7天甚至更長(zhǎng)時(shí)間來(lái)確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。 二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高準(zhǔn)確性。江蘇二代測(cè)序檢測(cè)

二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)和劣勢(shì)分別有哪些？

優(yōu)勢(shì)：能夠同時(shí)得到大量的序列數(shù)據(jù)，相比于一代測(cè)序技術(shù)，通量提高了成千上萬(wàn)倍;單條序列成本非常低廉。

劣勢(shì)：序列讀長(zhǎng)較短，Illumina平臺(tái)為250-300bp，454平臺(tái)也只有500bp左右;由于建庫(kù)中利用了PCR富集序列，因此有一些含量較少的序列可能無(wú)法被大量擴(kuò)增，造成一些信息的丟失，且PCR過(guò)程中有一定概率會(huì)引入錯(cuò)配堿基。想要得到準(zhǔn)確和長(zhǎng)度較長(zhǎng)的拼接結(jié)果，需要測(cè)序的覆蓋率較高導(dǎo)致結(jié)果錯(cuò)誤較多和成本增加。 南京二代測(cè)序分析一代和二代測(cè)序的區(qū)別？

宏基因組二代測(cè)序，你了解多少？

宏基因組二代測(cè)序（mNGS）是一項(xiàng)覆蓋病原譜廣且高通量的檢測(cè)技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對(duì)于血液病患者，病原mNGS通過(guò)對(duì)樣本快速高通量測(cè)序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對(duì)無(wú)偏倚的病原信息，對(duì)病原診斷起到積極的作用，尤其對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)未覆蓋到或檢測(cè)周期較長(zhǎng)、陽(yáng)性率較低的病原可提高檢出率。對(duì)于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，病理、無(wú)菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對(duì)傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報(bào)告解讀應(yīng)充分評(píng)估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時(shí)在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷。

二代測(cè)序的建庫(kù)步驟①

一、樣本準(zhǔn)備

樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細(xì)胞等。例如，在**研究中，可能會(huì)采集**組織和對(duì)應(yīng)的正常組織。對(duì)于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理，以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織，可將其置于液氮中速凍，然后保存在-80℃冰箱中。

核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對(duì)于DNA提取，常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性，離心后使DNA處于水相，從而實(shí)現(xiàn)分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理，DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上，經(jīng)過(guò)洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA。RNA提取過(guò)程中，需要特別注意防止RNA酶的污染，因?yàn)镽NA酶***存在且很穩(wěn)定，容易降解RNA。一般會(huì)使用含有RNA酶抑制劑的試劑，如焦碳酸二乙酯（DEPC）處理水來(lái)配制試劑，并且操作過(guò)程要在無(wú)RNA酶的環(huán)境中進(jìn)行，如使用無(wú)RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法，Trizol試劑可以同時(shí)破碎細(xì)胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離，然后通過(guò)氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA。 二代測(cè)序通量大，可以產(chǎn)生上G的reads.

二代測(cè)序——質(zhì)量控制類(lèi)問(wèn)題

如何評(píng)估二代測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量：主要通過(guò)一些質(zhì)量指標(biāo)來(lái)評(píng)估，如Q值（質(zhì)量值）分布，用于衡量每個(gè)堿基的測(cè)序質(zhì)量；堿基含量分布，檢查四種堿基的比例是否正常；GC含量分布，看是否與預(yù)期的基因組GC含量相符；序列重復(fù)度，評(píng)估數(shù)據(jù)中重復(fù)序列的比例；比對(duì)率，即測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組比對(duì)上的比例等。影響二代測(cè)序質(zhì)量的因素有哪些：樣本質(zhì)量是關(guān)鍵因素之一，如DNA的純度、完整性和濃度等會(huì)影響文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序結(jié)果；文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中的操作不當(dāng)，如片段化過(guò)度、接頭連接效率低等；測(cè)序儀器的性能和運(yùn)行狀態(tài)，包括試劑的質(zhì)量、測(cè)序芯片的質(zhì)量、儀器的校準(zhǔn)等；生物信息學(xué)分析過(guò)程中的參數(shù)設(shè)置和算法選擇也會(huì)對(duì)**終的結(jié)果質(zhì)量產(chǎn)生影響。 二代測(cè)序又可以稱(chēng)之為什么？陜西嘉安健達(dá)二代測(cè)序公司

宏基因組測(cè)序也是二代測(cè)序。江蘇二代測(cè)序檢測(cè)

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程（下）

測(cè)序

根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測(cè)序平臺(tái)，如 Illumina 測(cè)序平臺(tái)。它的測(cè)序原理主要是邊合成邊測(cè)序（SBS）。在測(cè)序過(guò)程中，dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）帶有不同顏色的熒光標(biāo)記，當(dāng)新的 dNTP 加入到正在合成的 DNA 鏈時(shí)，通過(guò)檢測(cè)熒光信號(hào)來(lái)確定堿基類(lèi)型，從而讀取 cDN**段的序列。測(cè)序深度（覆蓋度）也是一個(gè)重要參數(shù)，一般來(lái)說(shuō)，測(cè)序深度越高，檢測(cè)到的低表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的概率就越大，但成本也會(huì)相應(yīng)增加。

數(shù)據(jù)分析

數(shù)據(jù)質(zhì)量控制是第一步，要去除低質(zhì)量的 reads（如含有較多不確定堿基 “N” 的 reads）和接頭序列。然后將高質(zhì)量的 reads 比對(duì)到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上，常用的比對(duì)軟件有 TopHat、STAR 等。在確定了 reads 的位置后，就可以計(jì)算轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量，常用的方法有 RPKM（Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）等。此外，還可以進(jìn)行差異表達(dá)分析，找出在不同樣本條件下（如疾病組和健康組）表達(dá)量有***差異的轉(zhuǎn)錄本，用于后續(xù)的功能注釋和通路分析，了解這些轉(zhuǎn)錄本可能參與的生物學(xué)過(guò)程和信號(hào)通路。 江蘇二代測(cè)序檢測(cè)

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