但目前來(lái)看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問(wèn)題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實(shí)力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對(duì)大部分小本經(jīng)營(yíng)的養(yǎng)殖戶（單位）來(lái)說(shuō)是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計(jì)存在問(wèn)題或其他一些人為原因，運(yùn)行不充分或運(yùn)行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進(jìn)一步探討、完善。
常見(jiàn)寄生在鰓部的苗種寄生蟲(chóng)有：鰓隱鞭蟲(chóng)、口絲蟲(chóng)、錐體蟲(chóng)、魚(yú)波豆蟲(chóng)等等，這些寄生蟲(chóng)會(huì)逐步破壞魚(yú)苗鰓部的功能，導(dǎo)致會(huì)出現(xiàn)魚(yú)不吃食或者浮頭等現(xiàn)象。預(yù)防寄生蟲(chóng)的*有效方法就是管理好養(yǎng)殖水的質(zhì)量，假如真的發(fā)現(xiàn)了魚(yú)不吃食或者浮頭等現(xiàn)象，千萬(wàn)不要著急，不要妄自猜測(cè)，不要亂用藥，首先要確定是不是寄生蟲(chóng)引起的，再者要確定到底是哪種寄生蟲(chóng)引起的，*后才是用藥。
目前我國(guó)的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)技術(shù)的系統(tǒng)設(shè)施和養(yǎng)殖生產(chǎn)處于相脫節(jié)的狀況，也就是說(shuō)只有少數(shù)人真正掌握循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施正常管理技術(shù)，大多數(shù)已建的循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)施很大一部分不能正常運(yùn)轉(zhuǎn)。究其原因，一是循環(huán)水養(yǎng)殖管理要求復(fù)雜，技術(shù)上有缺陷，不易實(shí)現(xiàn)平穩(wěn)運(yùn)行；二是一般養(yǎng)殖場(chǎng)的人員素質(zhì)和結(jié)構(gòu)不能滿足循環(huán)水養(yǎng)殖的要求。因此，今后養(yǎng)殖設(shè)施的開(kāi)發(fā)應(yīng)更加注重從整體上整合養(yǎng)殖設(shè)施和養(yǎng)殖技術(shù)，做到“軟硬件”真正的統(tǒng)一，并不斷提高設(shè)施的信息化和智能化水平，降低管理維護(hù)難度。