但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎建設成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術路線有待進一步探討、完善。
我們應該用目標產量和預算來衡量需要做多大面積的工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，而不是簡單的用面積來做對比。 工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)前期投入相對較高，如果簡單套用原來池塘養(yǎng)殖的經驗和面積，總投資額會是一個很龐大的數(shù)字，普通養(yǎng)殖戶難以接受，也無形中放大了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的高投入印象，不利于養(yǎng)殖戶對工廠化養(yǎng)殖產生合理的理解。 在從傳統(tǒng)池塘養(yǎng)殖轉換到工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的過程中，我們可以用一個簡單的比例來進行換算，同樣的產量，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖僅需池塘養(yǎng)殖面積的10%。有了這個比例，就能更科學的規(guī)劃養(yǎng)殖面積和預算。
目前我國的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)技術的系統(tǒng)設施和養(yǎng)殖生產處于相脫節(jié)的狀況，也就是說只有少數(shù)人真正掌握循環(huán)水養(yǎng)殖設施正常管理技術，大多數(shù)已建的循環(huán)水養(yǎng)殖設施很大一部分不能正常運轉。究其原因，一是循環(huán)水養(yǎng)殖管理要求復雜，技術上有缺陷，不易實現(xiàn)平穩(wěn)運行；二是一般養(yǎng)殖場的人員素質和結構不能滿足循環(huán)水養(yǎng)殖的要求。因此，今后養(yǎng)殖設施的開發(fā)應更加注重從整體上整合養(yǎng)殖設施和養(yǎng)殖技術，做到“軟硬件”真正的統(tǒng)一，并不斷提高設施的信息化和智能化水平，降低管理維護難度。