但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大。現(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
既然是養(yǎng)活物，非常核心的兩個問題，一個是用什么養(yǎng)？即養(yǎng)殖模式，一個是怎么養(yǎng)？養(yǎng)殖管理。養(yǎng)殖模式包括養(yǎng)殖技術(shù)和手段。而養(yǎng)殖管理談的是如何統(tǒng)籌、調(diào)動人、物、水，讓人盡其能，物盡其用，水盡其利。養(yǎng)殖技術(shù)沒什么好說的，養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展至今，技術(shù)必然已經(jīng)足夠成熟到可以支撐這個產(chǎn)業(yè)，而手段（循環(huán)水養(yǎng)殖）剛才也已經(jīng)說過了。但有一點是被大多數(shù)人有意或無意忽略了的問題，就是養(yǎng)殖管理。
石斑魚屬于暖水性魚類，此時正值冷空氣南下，氣候多變，氣溫低，雨水多，晝夜溫差大，對池塘養(yǎng)殖影響嚴(yán)重，常常出現(xiàn)石斑魚趴邊、慢料、甚至死亡等問題，給養(yǎng)殖效益帶來極大的影響。導(dǎo)致出現(xiàn)這種現(xiàn)象的原因有以下3點：1、氣溫降低、天氣多變、水環(huán)境不穩(wěn)定，造成石斑魚應(yīng)激大，出現(xiàn)慢料、趴底現(xiàn)象，有的體質(zhì)弱的魚甚至出現(xiàn)死亡。2、養(yǎng)殖中后期，飼料投喂量大，有機質(zhì)積累日益增多，池塘污染嚴(yán)重，底質(zhì)、水質(zhì)惡化迅速，常出現(xiàn)水濃、蟲害等問題，白天易發(fā)生氣泡病，晚上易出現(xiàn)缺氧現(xiàn)象，甚至出現(xiàn)死亡。3、天氣低溫、晝夜溫差大，池塘水質(zhì)不穩(wěn)定，影響石斑魚正常攝食，出現(xiàn)慢料、不攝食等問題，即使攝食后也不易消化，加重肝臟、腸胃等內(nèi)臟器官負擔(dān)，體質(zhì)減弱，抵抗力下降，出現(xiàn)腸炎、花肝等問題，病魚身體消瘦，趴邊、游塘，嚴(yán)重者出現(xiàn)大量死亡。