循環(huán)水系統(tǒng)處理的對象一般是含有大量固體懸浮物或溶解性的物質(zhì)，這些物質(zhì)排入到養(yǎng)殖水中后會在細(xì)菌的作用下，分解成氨、硫化氫等對水生動物有毒的物質(zhì)。因此，一時間將這些污染物截留并盡可能地將這些污染物變廢為寶，是循環(huán)水處理系統(tǒng)的功能所在。循環(huán)水處理系統(tǒng)首先包括機(jī)械過濾部分。這些設(shè)備會將水中的固體懸浮物在一時間過濾出來。經(jīng)常用到的設(shè)備是蛋白質(zhì)分離器、微濾機(jī)、精密過濾器等設(shè)備。其次，循環(huán)水處理系統(tǒng)還有生化過濾設(shè)備。這些設(shè)備是為了培養(yǎng)相應(yīng)的微生物來對水中溶解性物質(zhì)進(jìn)行分解分離的。
工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的實(shí)質(zhì)是養(yǎng)殖生產(chǎn)的工業(yè)化，生產(chǎn)過程可控，可以跨季節(jié)養(yǎng)殖，產(chǎn)品像工業(yè)品一樣可以有計劃地均衡上市。其特點(diǎn)：一是用水量少，可利用較低質(zhì)水源，對水資源要求較低；二是占地少，對土地資源的要求低；三是養(yǎng)殖密度高，單位耗水產(chǎn)量大；四是易于控制生長環(huán)境，魚類(以及其他養(yǎng)殖種類)生長速度快，生長周期短；五是飼料利用率高；六是水循環(huán)使用，利用系數(shù)高；七是排放的廢水廢物少，能集中處理，對環(huán)境無壓力或很??；八是不受外界氣候的影響，可實(shí)現(xiàn)常年生產(chǎn)。
20世紀(jì)90年代，在淡水養(yǎng)殖方面，隨著經(jīng)濟(jì)的快速發(fā)展，全國各地興建了很多水產(chǎn)養(yǎng)殖示范區(qū)，建立了一批淡水魚類工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，但是其經(jīng)濟(jì)性矛盾依然突出。而工廠化循環(huán)水苗種繁殖生產(chǎn)系統(tǒng)具有水環(huán)境可控、苗種質(zhì)量高等優(yōu)點(diǎn)，適應(yīng)了苗種生產(chǎn)的反季節(jié)性、水質(zhì)條件要求高的特點(diǎn)，并且苗種的單位產(chǎn)值高，使之得到了一定程度的應(yīng)用。以大菱鲆工廠化流水養(yǎng)殖為代表的海水工廠化養(yǎng)殖的大力推廣，隨之而來的是優(yōu)質(zhì)水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題?！熬盼濉币詠?，國家有關(guān)科研計劃大力支持海水工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的研究，并取得了重要的階段性成果。