但目前來看，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖技術(shù)和系統(tǒng)的推廣還存在以下問題：是基礎(chǔ)建設(shè)成本高，投入大?，F(xiàn)在采用循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的企業(yè)大多數(shù)為具有一定規(guī)模，技術(shù)力量和實力較為雄厚的養(yǎng)殖企業(yè)，而對大部分小本經(jīng)營的養(yǎng)殖戶（單位）來說是可望而不可即，這也使循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)和技術(shù)的大范圍推廣受到了制約。部分工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于設(shè)計存在問題或其他一些人為原因，運行不充分或運行效率較低，影響了工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖的總體水平，節(jié)水節(jié)能技術(shù)路線有待進一步探討、完善。
結(jié)合工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)的特點，研究開發(fā)出節(jié)能環(huán)保，占地面積少，土地使用效率高，能有效隔離病害和控制病源的侵入，降低魚苗的攜菌和發(fā)病率的封閉式工廠化養(yǎng)殖循環(huán)水處理系統(tǒng)：在臺風(fēng)自然災(zāi)害較多的南方，工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖可有效抵御自然災(zāi)害對水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)毀滅性的打擊。在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，重要的就是水質(zhì)的凈化處理，這關(guān)乎到水產(chǎn)養(yǎng)殖的成敗。目前，傳統(tǒng)的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)由于大量電力化設(shè)備的使用，能耗特別高，加之部分設(shè)備耐腐蝕性差，成為現(xiàn)在做循環(huán)水養(yǎng)殖頭疼的事情。
這套系統(tǒng)叫做循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)，也可以形象地理解為“工廠化養(yǎng)殖”，是目前先進的水產(chǎn)生態(tài)養(yǎng)殖技術(shù)。在總產(chǎn)不降的情況下，從原有的養(yǎng)殖水面辟出一塊進行集約化，解決了水源問題，使養(yǎng)殖水質(zhì)比較穩(wěn)定，對周邊環(huán)境也比較友好。可增產(chǎn)增效、節(jié)地節(jié)水，破解了常規(guī)養(yǎng)殖面臨的諸多可持續(xù)發(fā)展問題。工廠化循環(huán)水養(yǎng)殖是一種現(xiàn)代工業(yè)化生產(chǎn)方式，基本上不受自然條件的限制，可以根據(jù)需要在任何地點建立海水或淡水的養(yǎng)殖生產(chǎn)系統(tǒng)，達(dá)到生產(chǎn)過程程序化、機械化的要求。