高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運(yùn)行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護(hù)、過濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預(yù)防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運(yùn)行是多學(xué)科知識(shí)的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對(duì)循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運(yùn)行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運(yùn)行管理。較高的進(jìn)入門檻也進(jìn)一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
我國工廠養(yǎng)殖目前受水處理成本的壓力，仍主要以流水養(yǎng)殖、半封閉循環(huán)水養(yǎng)殖為主，真正意義上的全封閉循環(huán)水養(yǎng)殖企業(yè)較少。流水養(yǎng)殖和半封閉養(yǎng)殖方式產(chǎn)量低（單位水體產(chǎn)量10—15千克/米2·年）、耗能大、效率低，與先進(jìn)國家技術(shù)密集型的循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)相比，在系統(tǒng)的循環(huán)水率、系統(tǒng)輔助水體的比率等關(guān)鍵性能方面基本接近國際水平，在設(shè)備、工藝、產(chǎn)量（先進(jìn)技術(shù)的產(chǎn)量達(dá)100千克/米2·年以上）和效益等方面，以及生物凈化系統(tǒng)的構(gòu)建、凈化效率和穩(wěn)定性、系統(tǒng)集成度、系統(tǒng)穩(wěn)定性等方面仍存在著一定的差距。
傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式如池塘養(yǎng)殖和網(wǎng)箱養(yǎng)殖，存在著占地面積大，適合養(yǎng)殖的地域有限，污染環(huán)境，易受地理氣候條件影響，容易因自然災(zāi)害造成減產(chǎn)等劣勢，其越來越嚴(yán)重的環(huán)境問題和產(chǎn)品安全性問題，難以實(shí)現(xiàn)可持續(xù)性發(fā)展。與傳統(tǒng)養(yǎng)殖方式相比，循環(huán)水養(yǎng)殖生產(chǎn)每單位水產(chǎn)品可以節(jié)約50～100倍的土地和160～2600倍的水，比傳統(tǒng)養(yǎng)殖節(jié)約90%～99%的水和99%的土地，并且?guī)缀醪晃廴经h(huán)境。