高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學有效運行是多學科知識的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
水體的鹽度和硬度都能達到飽和進而析出，所以必須在系統(tǒng)內(nèi)部放置植物?？梢栽谒w內(nèi)放置水葫蘆、空心菜、浮萍等，也可以在硝化池種蔬菜比如西紅柿樹、地瓜樹、西瓜、土豆，矮化的果樹也是可以的。在水池內(nèi)放置水葫蘆則需要注意不能被魚吃掉了。這樣植物還會遮光，避免魚被日光照射，同時還能收獲大量蔬菜和魚食。整個系統(tǒng)是需要日光的，一來是植物光合作用消耗肥水無機鹽，再就是給水體加溫，應盡可能的加大日光采集。
當今水產(chǎn)養(yǎng)殖行業(yè)，隨著需求的不斷增長，養(yǎng)殖成本不斷上漲，高密度養(yǎng)殖已經(jīng)成為必然趨勢。養(yǎng)殖密度的提高能夠給水產(chǎn)養(yǎng)殖戶帶來可觀收益的同時，也給水產(chǎn)養(yǎng)殖帶來諸多難題，如何改善養(yǎng)殖水體質(zhì)量已經(jīng)成為高密度養(yǎng)殖的一大難題。改底是改善養(yǎng)殖水體質(zhì)量的重要措施，沒有一個良好的底部就很難有一池好質(zhì)量的水體，同樣的，一池不良的水體可能也會影響到底部，所以如何改善水體質(zhì)量就是如何改善水池底部。