高密的養(yǎng)殖下，一旦系統(tǒng)崩潰、疾病爆發(fā)或循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)運(yùn)行的穩(wěn)定性和系統(tǒng)總水量的平衡、生物濾池的維護(hù)、過(guò)濾設(shè)施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養(yǎng)殖密度以及水質(zhì)的檢測(cè)和疾病的預(yù)防都是分不開(kāi)的。因此，循環(huán)水系統(tǒng)的科學(xué)有效運(yùn)行是多學(xué)科知識(shí)的綜合體現(xiàn)。研究調(diào)查發(fā)現(xiàn)，很多企業(yè)對(duì)循環(huán)水養(yǎng)殖的原理、水處理設(shè)施設(shè)備的作用、運(yùn)行參數(shù)等知之甚少，直接影響到系統(tǒng)的運(yùn)行管理。較高的進(jìn)入門檻也進(jìn)一步加大了循環(huán)水養(yǎng)殖模式的推廣難度。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)難點(diǎn)是解決氮循環(huán)的問(wèn)題，要消除氨氮和亞硝(xiao)酸氮的影響。環(huán)控公司的解決方案是在循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中加入了反硝化反應(yīng)池，但由于反硝化作用需要在嚴(yán)格厭氧條件下進(jìn)行，因此硝化作用反應(yīng)池需要跟反硝化作用反應(yīng)池分開(kāi)。目前循環(huán)水養(yǎng)殖設(shè)備已實(shí)現(xiàn)工廠化生產(chǎn)，做到了養(yǎng)殖池與養(yǎng)殖凈化設(shè)備的無(wú)縫連接。通過(guò)一系列的物理過(guò)濾、化學(xué)沉淀以及通過(guò)微生物的作用去除氨氮、硝氮和亞硝氮再通過(guò)殺菌消毒、充氧等操作，水體重新流回到循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)中，實(shí)現(xiàn)養(yǎng)殖水的循環(huán)利用。
養(yǎng)殖過(guò)程中產(chǎn)生的殘餌、糞便，有部分無(wú)法通過(guò)換水排出而吸附在池壁池底。洗池對(duì)于排出養(yǎng)殖池底的污物有一定效果。無(wú)死角的養(yǎng)殖池形狀結(jié)合向中央傾斜的池底和中央排污方式，可以有效的排出池底污物。當(dāng)同一個(gè)養(yǎng)魚(yú)池中魚(yú)的大小、強(qiáng)弱不一時(shí)，會(huì)嚴(yán)重影響魚(yú)的生長(zhǎng)速度，因而，養(yǎng)殖過(guò)程中必須按時(shí)進(jìn)行大小分選。魚(yú)的大小分選不僅可以防止互殘（半滑舌鰨的互殘的情況很少發(fā)生），而且便于進(jìn)行管理，尤其是幼魚(yú)，幼魚(yú)生長(zhǎng)比較快，分選和不分選，幼魚(yú)的生長(zhǎng)、死亡率和餌料的利用率相差很大。但要盡可能減少分養(yǎng)次數(shù)，過(guò)多次數(shù)的分養(yǎng)會(huì)使魚(yú)體受傷，增加魚(yú)的應(yīng)激反應(yīng)。